Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Master Thesis Neuroblastoma Ras (NRAS) Mutasyonlu Melanomda Negative Regulator Of Antiviral Response (NRAV) Uzun Kodlamayan RNA'nın Tip-2 İnterferon Yanıtındaki Rollerinin İncelenmesi ve Uzun Kodlamayan RNA İfade Örüntülerinin İmmünoterapi Yanıtıyla İlişkilerinin Araştırılması(2025) Şahin, Çağatay; Ekiz, Hüseyin Atakan; Güner, Şerife AyazBu çalışma, uzun kodlamayan RNA (lncRNA) NRAV'ın tip II interferon (IFN-γ) sinyal yolaklarını düzenlemedeki rolünü ve bunun melanoma biyolojisi ile immünoterapi etkinliği üzerindeki etkilerini incelemektedir. NRAS mutasyonuna sahip SKMEL147 melanoma hücre hattı kullanılarak, IFN-γ uyarımı öncesi ve sonrası koşullarda interferonla uyarılan genlerin (ISG) ekspresyonu, hücre proliferasyonu ve hücre ölümü üzerindeki değişiklikleri değerlendirmek amacıyla NRAV aşırı ifade eden hücre modelleri oluşturulmuştur. NRAV'ın aşırı ifadesi, IFIT2, IRF1 ve PD-L1 gibi kritik ISG'leri baskılayarak IFN-γ–STAT1 sinyal yolunun inhibe edildiğini göstermiştir. Fonksiyonel olarak, NRAV hücre büyümesini azaltmış ve hücre ölümünü nekroza kaydırmıştır; bu bulgu koloni oluşum deneyleri ve akış sitometrisi ile doğrulanmıştır. RNA pulldown sonrası yapılan proteomik analiz, NRAV ile ilişkili proteinlerin otofaji, translasyon ve mitokondriyal stres yanıtlarında rol aldığını ortaya koyarak, NRAV'ın hücre kaderini post-transkripsiyonel düzeyde düzenleyebileceğini göstermiştir. Melanoma immünoterapisi veri setlerine uygulanan makine öğrenmesi, LINC02273, LINC01833 ve MIR210HG gibi immünoterapiye yanıtla ilişkili olabilecek çok sayıda lncRNA'yı belirlemiş, ZFAT-AS1 ve CSRP3-AS1 gibi yeni adayları da ortaya koymuştur. Bu bulgular, NRAV'ın hem IFN aracılı bağışıklığı baskılayıcı hem de nekrotik hücre ölümünü düzenleyici ikili işlevine dikkat çekmekte olup, onu gelecekteki mekanistik ve terapötik çalışmalar için potansiyel bir hedef haline getirmektedir. Bu araştırma, melanomada bağışıklık düzenleyici lncRNA'ların anlaşılmasını derinleştirerek, immünoterapi direncinde biyobelirteç ve hedef keşfi için yeni yollar açmaktadır.Master Thesis MikroRNA-150'nin Melanoma Progresyonu ve İmmün Mikroçevre Düzenlemesindeki Rolünün Araştırılması(2025) Ağır, Zekiye Büşra; Ekiz, Hüseyin AtakanMelanom, yüksek mutasyon yükü ve metastatik kapasitesi nedeniyle agresif bir kanser türüdür. Bu agresifliğe katkı sağlayan birçok yolak bulunmakta olup, mikroRNA'ların bu süreçte önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. miR-150, hem tümör hücrelerinde hem de bağışıklık sisteminde işlev görebilen çok işlevli bir mikroRNA'dır; ancak melanomdaki rolü yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışmada, miR-150'nin melanom progresyonu ve tümör bağışıklık mikroçevresi üzerindeki etkileri hem in vitro hem de in vivo deneysel modeller ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak incelenmiştir. B16F10-OVA melanom hücrelerinde CRISPR/Cas9 yöntemiyle miR-150 genetik olarak silinmiş ve proliferasyon, koloni oluşturma ve migrasyon üzerindeki etkileri in vitro olarak değerlendirilmiştir. Bu analizlerde hücre kültürü sistemlerinde anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. İn vivo çalışmalar ise miR-150 silinmesinin tümör bağışıklık mikroçevresinde bazı değişikliklere yol açmasına rağmen tutarlı bir etki göstermemiştir. Tümör hücresine özgü etkilerin ötesinde, melanom transkriptomik verileri analiz edilerek miR-150 ekspresyonunun tümör mikroçevresindeki ilişkileri değerlendirilmiştir. miR-150 ekspresyonunun sağkalım, inflamasyon ve bağışıklık yanıtları ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Bu bulgular, miR-150'nin yalnızca tümör hücrelerinde değil, aynı zamanda tümör mikroçevresindeki bağışıklık hücrelerinde de işlevsel roller üstlenebileceğini düşündürmektedir.Master Thesis Uzun Kodlanmayan RNA Antiviral Yanıtı Negatif Düzenleyici (NRAV)'nin Braf-mutant Melanomada İnterferon ile Uyarılan Genlerin İfadelerinin Düzenlenmesindeki Rolü(2025) Durmuş, Kadir Ziya; Ekiz, Hüseyin AtakanBu tez çalışması, uzun kodlamayan RNA'lardan (lncRNA) biri olan NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response)'in BRAF mutasyonu taşıyan melanom hücrelerinde interferon (IFN) uyarılı gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini incelemek-tedir. NRAV daha önce viral enfeksiyon modellerinde interferon yanıtını baskıladığı gösterilmiş bir molekül olmasına rağmen, tümör immünolojisindeki rolü net olarak ortaya konmamıştır. Bu çalışma, NRAV'ın melanom bağlamında bağışıklık sistemine karşı nasıl işlev gördüğünü deneysel olarak değerlendiren ilk çalışmalardan biridir. TCGA-SKCM veri seti üzerinde yapılan biyoinformatik analizlerde, yüksek NRAV ekspresyonunun IFN-α, IFN-γ ve inflamasyon yollarını baskıladığı; bununla birlikte düşük hasta sağkalımıyla ilişkili olduğu gösterilmiştir. A375 melanom hücre hattında oluşturulan NRAV aşırı ekspresyon ve susturma modellerinde yapılan IFN-α ve IFN-γ uygulamaları sonrası, interferon uyarılı genlerin ekspresyon düzeylerinde belirgin farklılıklar gözlenmiştir. NRAV susturulduğunda bu genlerin ekspresyonu artarken, aşırı ekspresyon durumunda baskılanmıştır. Ancak hücre canlılığı ve prolife-rasyon deneylerinde NRAV'in fazla etki yaratmadığı görülmüştür. Hatta literatürün aksine NRAV baskılanmasının kısmi olarak melanom hücre proliferasyonunu arttırdı-ğı görülmüştür. Bu durum NRAV'in hücre canlılığı ve proliferasyona etkisinin tümör tipine özgü olabileceğini ve belki de immünojenik hücre ölümüyle ilişkili olabileceği-ni düşündürmektedir. Epigenetik analizler, NRAV'ın özellikle H3K27me3 düzeylerini artırarak kromatin bazlı baskılama mekanizmalarıyla işlev görebileceğinin ortaya koymuştur. Ayrıca LC-MS/MS analizleri, NRAV'ın YTHDF2 gibi m6A okuyucu pro-teinlerle fiziksel olarak etkileşime girebileceğini göstermiştir. NRAV, interferon yanı-tını hem epigenetik hem de post-transkripsiyonel düzeyde baskılayan bir lncRNA ola-rak melanomda immün kaçışı destekleyici potansiyele sahiptir. Bu nedenle terapötik hedef ve biyobelirteç adayıdır.Master Thesis MikroRNA-142'nin Melanom Tümör Bağışıklığı Üzerindeki Rolünün İncelenmesi(2025) Kayacan, Hilal; Ekiz, Hüseyin AtakanMikroRNA'lar (miRNA'lar), gen ekspresyonunu post-transkripsiyonel düzeyde kontrol eden kısa, kodlamayan RNA molekülleridir ve genellikle hedef mRNA'ların 3′ UTR bölgelerine bağlanarak bu işlevi yerine getirirler. Bu etkileşim, proliferasyon, migrasyon, homeostaz ve apoptoz gibi temel hücresel işlevlerin düzenlenmesine yardımcı olur. Bu işlevlerin ötesinde, miRNA'lar bağışıklık düzenlenmesi, tümör progresyonu ve tümör mikroçevresinin modülasyonunda da rol oynarlar. Melanom, çok hızlı ilerleme eğilimi gösteren oldukça agresif bir cilt kanseri türüdür. Araştırmalar, belirli mikroRNA'ların tümör büyümesini ve bağışıklık hücrelerinin işlevlerini etkileyerek melanom gelişiminde rol oynadığını göstermektedir. Biyoinformatik analizler, melanom ve sağlıklı doku hücreleri arasında belirli miRNA'ların ekspresyon seviyelerinde önemli değişiklikler olduğunu ortaya koymakta ve bu moleküllerin tümör biyolojisindeki önemini vurgulamaktadır. Biyoinformatik analizimizde, melanomda CD8, interferon-gamma (IFNG) ve granzyme B (GZMB) gibi anti-tümör bağışıklık belirteçleri ile pozitif korelasyon gösteren miRNA'lara odaklandık; bu miRNA'ların bazılarını tümör progresyonu ve immün kaçış mekanizmalarında fonksiyonel olabileceği varsayımıyla inceledik. MiRNA-142, intratümoral bağışıklık belirteçleriyle güçlü ilişkileri sayesinde dikkat çeken bir aday olarak öne çıktı. MiRNA-142 üzerine yapılan çalışmalar sınırlı olup, genellikle uveal melanom üzerine yoğunlaşmış durumdadır; bu nedenle kutanöz melanom bağlamındaki rolü büyük ölçüde keşfedilmemiştir. Bu çalışma, hem fonksiyon kaybı (loss-of-function) hem de fonksiyon kazancı (gain-of-function) yaklaşımları kullanarak miRNA-142'nin kutanöz melanomdaki fonksiyonel rolünü araştırmayı amaçlamaktadır. Bu bağlamda, miRNA-142'nin hücresel işlevler üzerindeki etkisi in vitro çalışmalarla, tümör immün mikroçevresindeki rolü ise wild-type fareler kullanılarak yapılan in vivo deneylerle değerlendirilmiştir.Master Thesis NRAV Uzun Kodlamayan RNA'sının NRAs Mutant Melanomunda Tip-1 İnterferon Yanıtındaki Rollerinin İncelenmesi ve Uzun Kodlamayan RNA İfade Örüntülerinin Kanserde Hayatta Kalımla İlgisinin Araştırılması(2025) Kılıç, Emre; Ekiz, Hüseyin AtakanDeri kanseri (melanom), bağışıklık tepkilerinden kaçma yeteneğiyle bilinen agresif bir cilt kanseridir. Tip I interferonlar (IFN'ler) (IFN-A/B), antitümör bağışıklığını artırmada önemli bir rol oynar, ancak bu yolağın melanomdaki uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar) tarafından düzenlenmesi yeterince anlaşılmamıştır. NRAV (Antiviral Yanıtın Negatif Düzenleyicisi, Negative Regulator of Antiviral Response), daha önce viral enfeksiyon sırasında IFN ile uyarılan genleri (IFN stimulated genes, ISG'ler) baskıladığı gösterilen, ancak melanom gibi kanser bağlamlarında karakterize edilmeyen bir lncRNA'dır. Mevcut tez çalışmasında, NRAS mutasyona uğramış SKMEL147 hücreleri kullanılarak NRAV'ın melanomdaki tip I IFN sinyallemesi üzerindeki etkisini araştırmak amaçlanmıştır. Bulgular, NRAV aşırı ifadesinin erken zaman noktalarında IFN-A uyarımını takiben baskılanmış ISG (IFIT2, IFIT3, MX1), HLA-A ve PD-L1 ifadesine yol açtığını göstermektedir. NRAV aşırı ifade edilen hücreler ayrıca azalmış çoğalma ve artmış hücre ölümü sergilediler. Proteomik analizin ardından RNA çöktürme (RNA pulldown), mitofaji ve translasyonda yer alan belirgin bir NRAV'le ilişkili protein seti ortaya çıkardı ve NRAV'nin potansiyel tepkime hedeflerini vurguladı. Ek olarak, makine öğrenme algoritmaları tarafından yapılan biyoenformatik analiz, özellikle tip I IFN yanıtında bir oyuncu olan IRF9 ile birleştirildiğinde, ifadesi melanom hastalarında iyileştirilmiş veya kötüleştirilmiş sağkalımla ilişkili olan birkaç IFNA ile ilişkili lncRNA'yı tanımladı. Bu bulgular birlikte, NRAV'nin melanom ve tip I IFN yanıtındaki düzenleyici rolünü ve IFN ile ilişkili lncRNA'ların daha geniş prognostik önemini vurgulamaktadır.