Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
4 results
Search Results
Master Thesis FTIR ve CD Spektrometresi Kullanılarak N-bağlı Glikozilasyonun Eritropoetinin İkincil Yapısı ve Konformasyonel Stabilitesi Üzerindeki Etkilerin Araştırılması(2025) Öztürk, Cansel Özen; Güler, Günnur; Güner, Şerife AyazEritropoetin (EPO), böbreklerden salgılanan ve eritrosit üretiminden sorumlu olan 165 aminoasiten oluşan ve dört adet glikanın bağlı olduğu glikoprotein yapıda olan bir hormondur. Rekombinant insan eritropoetini, kronik böbrek yetmezliğinden veya kanser tedavisinden kaynaklanan aneminin tedavisi için terapötik olarak uygulanan bir proteindir. Ancak, EPO'nun üretim süreç ve koşullarında meydana gelen değişiklikler, molekülün glikolizasyon formunun bozulmasına neden olabilir bu da EPO'nun yapısında ve biyolojik aktivitesinde farklılıklara sebep olabilir. Çünkü glikozilasyon profilleri, proteinin hedef reseptörlerle doğru bir şekilde etkileşim kurmasını sağlar ve bu da tedavi etkinliğini doğrudan etkiler. Bu sebeple EPO'nun yapısının bilinmesi, yapısal stabilitesi hakkında bilgi sahibi olunması, tedaviler açısından büyük önem taşımaktadırlar. Bu çalışmanın amacında, EPO'nun N-bağlı glikozilasyon ve deglikozilasyon formunun, yapıda meydana getirebileceği yapısal ve konformasyonel değişikliklerin incelenmesi, Fourier Dönüşümlü Kızılötesi (FT-IR) ve Dairesel Dikroizm (CD) Spektroskopisi teknikleri yardımıyla gerçekleştirilmesi vardır. FT-IR ile proteinin ikincil yapısı aydınlatılıp, termal stabilite ve H/D değişimi analizleri yapılırken, CD spektroskopisi ile proteinin katlanması, sekonder yapısı ve termal stabilite analizleri yapılacaktır. Analizler sonucunda, farklı formların EPO'nun yapısal bütünlüğü üzerindeki etkilerinin aydınlatılması hedeflenmektedir. Ayrıca, elde edilen verilerin, Eritropoetinin tedavi etkinliği üzerinde yeni biyoteknolojik yaklaşımlar için temel oluşturması beklenmektedir.Master Thesis Neuroblastoma Ras (NRAS) Mutasyonlu Melanomda Negative Regulator Of Antiviral Response (NRAV) Uzun Kodlamayan RNA'nın Tip-2 İnterferon Yanıtındaki Rollerinin İncelenmesi ve Uzun Kodlamayan RNA İfade Örüntülerinin İmmünoterapi Yanıtıyla İlişkilerinin Araştırılması(2025) Şahin, Çağatay; Ekiz, Hüseyin Atakan; Güner, Şerife AyazBu çalışma, uzun kodlamayan RNA (lncRNA) NRAV'ın tip II interferon (IFN-γ) sinyal yolaklarını düzenlemedeki rolünü ve bunun melanoma biyolojisi ile immünoterapi etkinliği üzerindeki etkilerini incelemektedir. NRAS mutasyonuna sahip SKMEL147 melanoma hücre hattı kullanılarak, IFN-γ uyarımı öncesi ve sonrası koşullarda interferonla uyarılan genlerin (ISG) ekspresyonu, hücre proliferasyonu ve hücre ölümü üzerindeki değişiklikleri değerlendirmek amacıyla NRAV aşırı ifade eden hücre modelleri oluşturulmuştur. NRAV'ın aşırı ifadesi, IFIT2, IRF1 ve PD-L1 gibi kritik ISG'leri baskılayarak IFN-γ–STAT1 sinyal yolunun inhibe edildiğini göstermiştir. Fonksiyonel olarak, NRAV hücre büyümesini azaltmış ve hücre ölümünü nekroza kaydırmıştır; bu bulgu koloni oluşum deneyleri ve akış sitometrisi ile doğrulanmıştır. RNA pulldown sonrası yapılan proteomik analiz, NRAV ile ilişkili proteinlerin otofaji, translasyon ve mitokondriyal stres yanıtlarında rol aldığını ortaya koyarak, NRAV'ın hücre kaderini post-transkripsiyonel düzeyde düzenleyebileceğini göstermiştir. Melanoma immünoterapisi veri setlerine uygulanan makine öğrenmesi, LINC02273, LINC01833 ve MIR210HG gibi immünoterapiye yanıtla ilişkili olabilecek çok sayıda lncRNA'yı belirlemiş, ZFAT-AS1 ve CSRP3-AS1 gibi yeni adayları da ortaya koymuştur. Bu bulgular, NRAV'ın hem IFN aracılı bağışıklığı baskılayıcı hem de nekrotik hücre ölümünü düzenleyici ikili işlevine dikkat çekmekte olup, onu gelecekteki mekanistik ve terapötik çalışmalar için potansiyel bir hedef haline getirmektedir. Bu araştırma, melanomada bağışıklık düzenleyici lncRNA'ların anlaşılmasını derinleştirerek, immünoterapi direncinde biyobelirteç ve hedef keşfi için yeni yollar açmaktadır.Master Thesis Proteogenomik Yaklaşımlar Kullanılarak Trueperella Pyogenes Piyolizin Toksinine Özgü Nanokorların Tanımlanması(2025) Fındık, Fatma; Güner, Şerife AyazHayvancılık sektörün başta olmak üzere Trueperella pyogenes enfeksiyonları (mastitis gibi) önemli ekonomik kayıplara yol açmakta ve artan antibiyotik direnci, hedefe yönelik tanı ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesini zorunlu kılmaktadır. Bakterinin başlıca virülans faktörü olan Piyolizin, immünojenik yapısı nedeniyle potansiyel bir antikor hedefidir. Nanokorlar, küçük boyutları, yüksek afiniteleri, üstün yapısal kararlılıkları ve kolay üretimleri sayesinde geleneksel antikorlara güçlü bir alternatif sunmaktadır. Bu proje, proteogenomik yaklaşımlar kullanılarak T. pyogenes enfeksiyonlarının tanı ve tedavisinde kullanılabilecek Piyolizin'e özgü nanokorları tanımlamayı amaçlamıştır. Piyolizin geninin çeşitli varyasyonlarda rekombinant ekspresyonu ve saflaştırılması başarıyla gerçekleştirilmiştir. Alpakalar inaktive edilmiş Pyolosin toksini ile immünize edilerek, elde edilen antikor yanıtları ELISA yöntemiyle değerlendirilmiştir. VHH kütüphanesi oluşturmak amacıyla, periferik kan mononükleer hücrelerinden (PKMH) toplam RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapılmış; antijene özgü antikorların proteomik analizi ve nanokor adaylarının seçimi için immünopresipitasyon ve kütle spektrometrisi teknikleri uygulanmıştır. Toplamda Pyolysine özgü 26 nanokor adayı filogenetik olarak analiz edilmiş ve ileri çalışmalar için üç temsilci (NB1, NB2, NB3) seçilmiştir. Seçilen dizilerin biyofiziksel özellikleri in silico olarak değerlendirilmiş ve üretime uygunlukları analiz edilmiştir. NB3 başarıyla üretilmiş ve karakterize edilmiştir. Ancak NB1 ve NB2 nanokorlarının ekspresyonunda çözünmezlik ve agregasyon problemleri gözlenmiş, bu durum yapısal stabilite ile ilgili sorunlara işaret etmiştir. Bu proje, Pyolosin'i hedefleyen nanokorların tanımlanmasında önemli bir ilk adımı temsil etmekte ve nanokor tabanlı hızlı tanı sistemleri ile antimikrobiyal alternatiflerin geliştirilmesi için değerli bir kaynak sağlamaktadır. Elde edilen deneyimler, proteogenomik yaklaşımla farklı patojenlere karşı nanokor geliştirilmesine de ışık tutacaktır.Master Thesis Development and Characterization of Affinity-Maturated Nanobodies Targeting B-Lymphocyte Antigen Cd19(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Al Alı, Ghazi; Güner, Şerife AyazB-Hücre Akut Lenfoblastik Lösemi (B-ALL), B-lenfositlerin kontrolsüz çoğalması ile karakterize bir lösemi alt tipidir. B-ALL tanısı kan sayımları, immünfenotipleme, sitogenetik analiz ve moleküler testlere dayanır. B-ALL tedavi stratejileri arasında kemoterapi, radyoterapi, allojenik kemik iliği nakli ve kök hücre nakli bulunur. B-ALL'nin tanı ve tedavisinde, bir B-lenfosit antijeni olarak bilinen CD19 proteinine özgü antikorlar veya antikor parçaları yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak, hedef antijenlere özgü antikor üretimi genellikle yüksek maliyetlidir. Yalnızca ağır zincirli deve antikorlarının ağır zincir değişken bölgesini oluşturan nanokütlelerin (nanobody, Nb) daha avantajlı olduğu gösterilmiştir. (H. Wang ve ark., 2021a) çalışmasında, doğal bir Nb-ekspresyonlu faj gösterim kütüphanesinden seçilen ve CD19'a afinitesi olan üç nanokütle (Nb) test edilmiştir. Deve antikorlarının ağır zincirlerinden türetilen ve antikorların tek zincirli ağır değişken bölgesini oluşturan bu nanokütleler in-silico olarak olgunlaştırılmıştır. Üç nanokütleden ikisi, in-silico performanslarına dayanarak dört varyantla birlikte seçilmiştir. Bu çalışmanın amacı, kurum içinde geliştirilen afinite olgunlaştırma protokolünün (yapı tahmini, filtreleme ve derecelendirme) uygulanabilirliğini, afinitesi olgunlaştırılmış varyantların in-vitro üretimi ve fonksiyonel karakterizasyonuyla ana nanokütlelere karşı doğrulamaktır. Ayrıca, nanokütlelerin in-silico afinitesi olgunlaştırılmasıyla ilgili çeşitli paradigmalar ve modellerin deneysel gerçeklik karşısındaki durumu üzerine değerlendirmelerde bulunulmuştur.