Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis MikroRNA-150'nin Melanoma Progresyonu ve İmmün Mikroçevre Düzenlemesindeki Rolünün Araştırılması(2025) Ekiz, Hüseyin Atakan; Ekiz, Hüseyin Atakan; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and GeneticsMelanom, yüksek mutasyon yükü ve metastatik kapasitesi nedeniyle agresif bir kanser türüdür. Bu agresifliğe katkı sağlayan birçok yolak bulunmakta olup, mikroRNA'ların bu süreçte önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. miR-150, hem tümör hücrelerinde hem de bağışıklık sisteminde işlev görebilen çok işlevli bir mikroRNA'dır; ancak melanomdaki rolü yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışmada, miR-150'nin melanom progresyonu ve tümör bağışıklık mikroçevresi üzerindeki etkileri hem in vitro hem de in vivo deneysel modeller ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak incelenmiştir. B16F10-OVA melanom hücrelerinde CRISPR/Cas9 yöntemiyle miR-150 genetik olarak silinmiş ve proliferasyon, koloni oluşturma ve migrasyon üzerindeki etkileri in vitro olarak değerlendirilmiştir. Bu analizlerde hücre kültürü sistemlerinde anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. İn vivo çalışmalar ise miR-150 silinmesinin tümör bağışıklık mikroçevresinde bazı değişikliklere yol açmasına rağmen tutarlı bir etki göstermemiştir. Tümör hücresine özgü etkilerin ötesinde, melanom transkriptomik verileri analiz edilerek miR-150 ekspresyonunun tümör mikroçevresindeki ilişkileri değerlendirilmiştir. miR-150 ekspresyonunun sağkalım, inflamasyon ve bağışıklık yanıtları ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Bu bulgular, miR-150'nin yalnızca tümör hücrelerinde değil, aynı zamanda tümör mikroçevresindeki bağışıklık hücrelerinde de işlevsel roller üstlenebileceğini düşündürmektedir.Master Thesis CRISPR-TSKO Sistemi ile Pamukta Gossipol Biyosentezi için Genom Düzenlemesi(2025) Doğanlar, Sami; Doğanlar, Sami; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science; 04.03. Department of Molecular Biology and GeneticsGossypium hirsutum, yaygın adıyla yerli pamuk, sadece lif üretimi için değil, aynı zamanda tohum yağı üretimi için de yetiştirilen çok amaçlı bir bitkidir. Pamuk tohumu yağı, yüksek oranda protein (%23) ve yağ asidi (%21) içerdiği için alternatif bir gıda kaynağı olarak görülmektedir. Bitkinin böceklere ve küçük kemirgenlere karşı kendini savunmak amacıyla ürettiği zehirli bir madde olan gossipol, insan sağlığına zararlıdır ve pamuk tohumlarında da bu moleküle rastlandığı için gossipolden arındırılmamış pamuk yağı gıda olarak kullanılamaz. Gossipolün pamuk yağından uzaklaştırılması ise yağ elde etme sürecine fazladan maliyet ve zaman ekler. Gossipol, pamuk bitkilerince üretilen ve özel bezelerde sentezlenip depolanan bir ikincil metabolittir. Bu çalışmada, gossipol bezelerinin oluşumu ve gossipol biyosentezi için gerekli bir transkripsiyon faktörünü kodlayan CGF3 geni, CRISPR/Cas9 sistemiyle hedef alınmış ve bu bezelerin tüm dokularda oluşmasını engelleyecek mutasyonların oluşturulması amaçlanmıştır. Böylece bezsiz (glandless) pamuk bitkisi elde edilmesi hedeflenmiştir. Ancak bitkinin zararlılara karşı korunabilmesi için tohum dışındaki yeşil dokularda bezelerin tekrar oluşturulması planlanmaktadır. Bunun sağlanabilmesi için sonraki çalışmalarda CGF3 geninin yalnızca yeşil dokularda yeniden aktifleşmesini sağlayacak CRISPR/TSKO sistemi kullanılacaktır. Bu kapsamda, Türkiye'de geliştirilmiş Lodos pamuk çeşidi genetik materyal olarak seçilmiştir. Ancak bu çeşit için optimize edilmiş bir transformasyon yöntemi bulunmadığından, yeni bir yöntem geliştirilmiştir. Seçilen vektör, CRISPR/Cas9 ifadesi sağlayan pKSE401 plazmididir. Bu plazmide, CGF3 genini hedefleyen gRNA dizilerini içeren bir kaset entegre edilmiştir. Sonuç olarak, gRNA içermeyen pKSE401 ile Lodos için bir transformasyon yöntemi optimize edilmiştir. Ancak gRNA içeren vektörle transformasyon için ek deneyler gereklidir.