Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Master Thesis Development and Characterization of Affinity-Maturated Nanobodies Targeting B-Lymphocyte Antigen Cd19(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Al Alı, Ghazi; Güner, Şerife AyazB-Hücre Akut Lenfoblastik Lösemi (B-ALL), B-lenfositlerin kontrolsüz çoğalması ile karakterize bir lösemi alt tipidir. B-ALL tanısı kan sayımları, immünfenotipleme, sitogenetik analiz ve moleküler testlere dayanır. B-ALL tedavi stratejileri arasında kemoterapi, radyoterapi, allojenik kemik iliği nakli ve kök hücre nakli bulunur. B-ALL'nin tanı ve tedavisinde, bir B-lenfosit antijeni olarak bilinen CD19 proteinine özgü antikorlar veya antikor parçaları yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak, hedef antijenlere özgü antikor üretimi genellikle yüksek maliyetlidir. Yalnızca ağır zincirli deve antikorlarının ağır zincir değişken bölgesini oluşturan nanokütlelerin (nanobody, Nb) daha avantajlı olduğu gösterilmiştir. (H. Wang ve ark., 2021a) çalışmasında, doğal bir Nb-ekspresyonlu faj gösterim kütüphanesinden seçilen ve CD19'a afinitesi olan üç nanokütle (Nb) test edilmiştir. Deve antikorlarının ağır zincirlerinden türetilen ve antikorların tek zincirli ağır değişken bölgesini oluşturan bu nanokütleler in-silico olarak olgunlaştırılmıştır. Üç nanokütleden ikisi, in-silico performanslarına dayanarak dört varyantla birlikte seçilmiştir. Bu çalışmanın amacı, kurum içinde geliştirilen afinite olgunlaştırma protokolünün (yapı tahmini, filtreleme ve derecelendirme) uygulanabilirliğini, afinitesi olgunlaştırılmış varyantların in-vitro üretimi ve fonksiyonel karakterizasyonuyla ana nanokütlelere karşı doğrulamaktır. Ayrıca, nanokütlelerin in-silico afinitesi olgunlaştırılmasıyla ilgili çeşitli paradigmalar ve modellerin deneysel gerçeklik karşısındaki durumu üzerine değerlendirmelerde bulunulmuştur.Master Thesis Proteomic analysis of benzylisoquninoline alkaloid (BIA) biosynthesis in different opium poppy cultivars and examination of differentially expressed proteins in relation to bia content(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Taşdemir, İrem; Frary, AnneHaşhaş (Papaver somniferum), eczacılıkta kullanılan benzilizokinolin alkaloidleri (BIA) üretmesi nedeniyle Türkiye için stratejik öneme sahip bir bitkidir. Yalnızca haşhaş bitkisinden elde edilebilen bu alkaloidler, ağrı kesici, öksürük kesici ve narkotik amaçlı ilaç olarak yaygın şekilde kullanılmaktadır. Türkiye'nin haşhaş çeşitleri, yüksek BIA içeriği hedeflenerek geliştirilmiş olup küresel rekabet için verimlerinin artırılması gerekmektedir. Bu çalışmada, farklı haşhaş çeşitlerinin belirli organlarındaki protein seviyelerinin değişen BIA içeriği ile ilişkili olarak karşılaştırılmasını içeren proteomik bir yaklaşım kullanılmıştır. Çalışmada, belirli alkaloidler açısından öne çıkan üç Türk haşhaş çeşidi kullanılmıştır: tebain (TMO T), morfin (Ofis 2) ve noskapin (Ofis NM). Haşhaş bitkisinin belirli dokularından alınan protein ekstraktları, LC-MS/MS kullanılarak incelenmiş ve ardından kuru kapsüllerdeki BIA miktarı TLC/HPLC analizleriyle ölçülmüştür. Bu şekilde, farklı haşhaş çeşitlerinin ve organlarının protein ekspresyon modelleri ile kapsüllerdeki alkaloid birikimi arasındaki bağlantılar araştırılmış ve BIA metabolizmasının biyosentetik ve düzenleyici yollarına dair bilgi edinilmiştir. İncelenen beş doku arasında, olgun kapsüller en yüksek sayıda anlamlı farklı şekilde ifade edilen proteini gösterirken, Ofis 2 protein ifade profilleri açısından tüm dokularda TMO T ve Ofis NM'den belirgin şekilde ayrışmıştır. BIA yolağındaki kilit enzimler, üç haşhaş çeşidinin kapsülleri ve lateks içeren gövdeleri arasında anlamlı yukarı ve aşağı regülasyon göstermiştir. Gelecekteki araştırmalar, BIA biyosentezini aydınlatmak ve manipüle etmek için karakterize edilmemiş proteinlerin işlevlerini, çoklu omik entegrasyonunu, dokuya özgü enzim lokalizasyonunu ve işlevsel gen çalışmalarını araştırabilir. Bu sayede farmasötik amaçlar için yüksek verimli haşhaş çeşitlerinin geliştirilmesine olanak sağlanabilir.Master Thesis The Use of Crispr Cas9 Technology To Reduce Polyphenol Oxidase (PPO) Enzyme Activity in Eggplant(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Doğanlar, Sami; Dalgıç, Fatma Hacımalak; Doğanlar, SamiPatlıcan (Solanum melongena), Solanaceae ailesinin önemli bir üyesidir ve ekonomik potansiyeli ve zengin besin değeriyle öne çıkmaktadır. Patlıcan, dünyada en fazla üretimi yapılan sebzelerden biridir. Ayrıca, patlıcanın benzersiz genetik yapısı ve zorlu çevre koşullarına uyum sağlayabilme potansiyeli, ürün dayanıklılığı, verim ve besin içeriğini yükseltmeyi amaçlayan çalışmalar için önemli bir hedef haline getirmektedir. Genom düzenleme teknolojilerindeki son gelişmeler, özellikle CRISPR/Cas9 teknolojisi, patlıcanda spesifik genlerin düzenlemesi için umut vadetmektedir. Patlıcanın hasat edildikten sonra işlenmesinde önemli bir sorun olan enzimatik kararma, fenolik bileşiklerin oksidasyon reaksiyonundan kaynaklanmaktadır. Polifenol oksidazlar, kısaca PPO'lar bu reaksiyonu katalize etmektedir. Patlıcanda enzimatik esmerleşme yalnızca görünümde olumsuz etkilere neden olmamakla birlikte, raf ömrünü ve tüketici talebini de negatif şekilde etkilemektedir. Çalışmada, bir Türk patlıcan çeşidi olan Aydın Siyahı çeşidinin enzimatik esmerleşme sorununa hızlı ve kalıcı bir çözüm sağlamak amacıyla CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılmıştır. PPO genlerinde mutasyonlar oluşturularak, ilgili genlerin ifadesinde azalma ve esmerleşmenin azalması hedeflenmektedir. Geleneksel yöntemlerle esmerleşme probleminin çözümü zaman alıcı olacaktır ve ayrıca tüketicilerin tercih ettiği özelliklerin kaybolmasına neden olabilir. Sonuç olarak, bu çalışma ile Türk tipi patlıcanda birden fazla PPO genini hedefleyebilen CRISPR/Cas9 protokolü başarıyla optimize edilmiş ve uygulanmıştır. Bir Türk patlıcan çeşidi olan Kemer tipi Aydın Siyahı için, maksimum üç rehber RNA içerecek şekilde hazırlanan vektörler ve doku kültürü rejenerasyon protokolleri bu çalışmanın önemli başarılarıdır.Master Thesis Expression, Purification and Preliminary Functional Characterization of the Acidianus Two-Tailed Virus Tnpb Endonucleases(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Burgeia, Arwa Saleh; Oke, MuseTnpB is an RNA-guided endonuclease encoded in the IS200/605 transposon family. It forms a complex with a self-encoded ωRNA that directs TnpB to an appropriate target DNA sequence for activity. DNA cleavage at the target site promotes homologous recombination thus ensuring propagation of IS200/605 elements. Although IS200/605 elements are abundant in prokaryotic genomes, they are rarely found in viruses. However, the Acidianus two-tailed virus (ATV), which possesses 72 genes, encodes four TnpB proteins (gp10, gp40, gp43 and gp68). In this study, bioinformatics analysis of all ATV tnpB genes demonstrated that they were all solo tnpB genes and therefore could be classified as part of the IS1341 group. TnpB proteins are characterized by having a DED catalytic site motif and a C-terminal C4 zinc finger motif. Although the ATV gp10 protein retains the DED active site motif found in most TnpB proteins, the other ATV TnpB proteins possess a different amino acid instead of the Glu residue. Additionally, the ATV TnpB proteins possess the C4 zinc finger motif except for ATV gp40, which possesses three cysteine residues. All four ATV tnpB genes were cloned and expressed in the heterologous Escherichia coli host. The gp40 and gp68 proteins were purified using Ni2+ -NTA and gel filtration chromatography. Although gp68 appears to bind to DNA, there is insufficient evidence for RNA binding. Cleavage assays revealed that gp68 demonstrated nonspecific DNA nickase and cleavage activities. The significance of this study and the broader implications regarding the possible role of TnpB in virus survival are discussed.Master Thesis Population Genomics of Crohn Disease Susceptibility(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Narli, Bengisu; Sezgin, Efe; Büyükkileci, Ali OğuzCrohn Hastalığı (CD), gastrointestinal sistemin kronik inflamasyonuna neden olan inflamatuar bir bağırsak hastalığıdır. Modern popülasyonlarda CD'ye yatkınlığı artıran genetik yapının, enfeksiyonlara ve patojenlere direnç gibi belirli çevresel stres faktörlerine karşı seçici avantaj sağlayan türetilmiş bir özellik olduğu iddia edilmektedir. Bu nedenle, CD ile ilişkili genlerde seçilim belirtileri olmalıdır. CD riskinin türetilmiş seçilmiş bir özellik olup olmadığını test etmek için, literatür taramaları yoluyla CD ile ilişkili genler ve varyantlar belirlenmiştir. Allen veriseti ve 1000 Genom Projesi aracılığıyla eski ve modern nüfus verileri toplanmıştır. Veriler Plink ve R kullanılarak analiz edilmiştir. 352 CD risk aleli tanımlanmıştır ve CD ile ilişkili alellerin hastalık risk durumu (koruyucu ve duyarlı) atasal ve türetilmiş durumlarıyla karşılaştırılmıştır. Dünya çapındaki dört metapopülasyonun bu alellere göre farklılaşması incelenmiştir. Ayrıca, eski ve modern popülasyonlar arasındaki alel frekansı farklılıkları karşılaştırılmıştır. Günümüz metapopülasyonları arasındaki genetik farklılaşma ve ayrımın, CD ile ilişkili PUS10 ve PPBP_CXCL5 genlerinin etkisine bağlı olduğu, antik ve modern metapopülasyonlardaki ayrımın ise PPP5C, PPBP_CXCL5 ve AIMP1P2 genlerinin etkisi olduğu gözlemlenmiştir. CD prevalansının daha yüksek olduğu popülasyonlarda daha yüksek risk alel frekanslarına sahip olduğu belirlenmiştir. CD ile ilişkili IRGM, OR2B11 ve IL10 genlerindeki varyantlar, atasal ve modern Avrupa popülasyonları karşılaştırıldığında zaman içinde yüksek alel frekansı değişiklikleri göstermiştir. Gen bazlı son seleksiyon analizleri, CD ile ilişkili HERC2, MACROD2, RBFOX1, ITLN1 ve RNFT1P2 genlerinde etkili olan olası pozitif seçilime işaret etmiştir.