Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
2 results
Search Results
Master Thesis The Use of Crispr Cas9 Technology To Reduce Polyphenol Oxidase (PPO) Enzyme Activity in Eggplant(01. Izmir Institute of Technology, 2024) Doğanlar, Sami; Dalgıç, Fatma Hacımalak; Doğanlar, SamiPatlıcan (Solanum melongena), Solanaceae ailesinin önemli bir üyesidir ve ekonomik potansiyeli ve zengin besin değeriyle öne çıkmaktadır. Patlıcan, dünyada en fazla üretimi yapılan sebzelerden biridir. Ayrıca, patlıcanın benzersiz genetik yapısı ve zorlu çevre koşullarına uyum sağlayabilme potansiyeli, ürün dayanıklılığı, verim ve besin içeriğini yükseltmeyi amaçlayan çalışmalar için önemli bir hedef haline getirmektedir. Genom düzenleme teknolojilerindeki son gelişmeler, özellikle CRISPR/Cas9 teknolojisi, patlıcanda spesifik genlerin düzenlemesi için umut vadetmektedir. Patlıcanın hasat edildikten sonra işlenmesinde önemli bir sorun olan enzimatik kararma, fenolik bileşiklerin oksidasyon reaksiyonundan kaynaklanmaktadır. Polifenol oksidazlar, kısaca PPO'lar bu reaksiyonu katalize etmektedir. Patlıcanda enzimatik esmerleşme yalnızca görünümde olumsuz etkilere neden olmamakla birlikte, raf ömrünü ve tüketici talebini de negatif şekilde etkilemektedir. Çalışmada, bir Türk patlıcan çeşidi olan Aydın Siyahı çeşidinin enzimatik esmerleşme sorununa hızlı ve kalıcı bir çözüm sağlamak amacıyla CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılmıştır. PPO genlerinde mutasyonlar oluşturularak, ilgili genlerin ifadesinde azalma ve esmerleşmenin azalması hedeflenmektedir. Geleneksel yöntemlerle esmerleşme probleminin çözümü zaman alıcı olacaktır ve ayrıca tüketicilerin tercih ettiği özelliklerin kaybolmasına neden olabilir. Sonuç olarak, bu çalışma ile Türk tipi patlıcanda birden fazla PPO genini hedefleyebilen CRISPR/Cas9 protokolü başarıyla optimize edilmiş ve uygulanmıştır. Bir Türk patlıcan çeşidi olan Kemer tipi Aydın Siyahı için, maksimum üç rehber RNA içerecek şekilde hazırlanan vektörler ve doku kültürü rejenerasyon protokolleri bu çalışmanın önemli başarılarıdır.Master Thesis Partial Purification and Characterization of Polyhenol Oxidase From Thermophilic Bacillus Sp.(Izmir Institute of Technology, 2009) Güray, Melda Zeynep; Şanlı Mohamed, GülşahPolyphenol oxidases are enzymes that catalyze the oxidation of phenolic compounds using molecular oxygen. The ability of polyphenol oxidases to act on phenolic compounds makes them highly useful biocatalysts for various biotechnological applications. They are commonly found in animals, plants and fungi. Recent genome analysis have shown that polyphenol oxidases are also widespread in bacterial species. In this study, detection, partial purification and characterization of polyphenol oxidase from thermophilic Bacillus sp., which was isolated from a geothermal region was achieved. The samples from bacterial culture were boiled and compared with not boiled ones in order to prove the existence of enzyme in bacterium. The existence was also supported with the appearance of dark bands on polyacrylamide gel after staining with catechol solution. Results of activity staining and activity measurements of samples from intracellular and extracellular extract revealed that the enzyme was intracellular. Partial purification was performed by acetone precipitation and gel filtration chromatography with 35% yield and 1.24 purification fold. Characterization studies indicated that the enzyme showed highest activity at pH 7.0 and 60C, was stable at temperatures between 30 and 60C and more than 80% of activity was retained in the pH range of 5-8. The results of agent and metal ion effect on enzyme activity revealed that the enzyme was totally inhibited in the presence of DTT and sodium diethyldithiocarbamate and highly activated with copper ions whereas other agents or metal ions did not have significant effect on activity. Km and Vmax values for the enzyme were determined as 91mM and 2.25 .abs/min/ml, respectively.