Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

2020 - 20242

Settings

Access type: Open accessSubject: search.filters.subject.Actinobacteria

Search Results

Now showing 1 - 2 of 2
  • Master Thesis
    Secondary Metabolites From Marine Derived Actinobacteria and Their Bioactivities
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Can, Özge; Bedir, Erdal
    Aktinobakteriler, antibakteriyel ve antikanser bileşikler dahil olmak üzere birçok biyoaktif ikincil metabolit üretebilmesi açısından dikkat çekmektedir. Bu tez kapsamında, İzmir (Türkiye) Ilıca Körfezi'nden Aktinobakteri olduğu öngörülen bakteriler izole edilerek antimikrobiyal potansiyelleri ortaya konmuştur. On iki izolatın fermantasyon sıvıları etil asetat ile ekstre edilerek, disk difüzyon testi ile seçilen patojenlere karşı (Staphylococcus aureus, Escherichia coli ve Candida albicans) taranmıştır. İzolatların çoğunluğu en az bir patojene karşı antimikrobiyal aktivite göstermiştir. Elde edilen izolatların morfolojik özelliklerine dayanarak Streptomyces üyeleri oldukları düşünülmüştür. Antimikrobiyal potansiyel ve ikincil metabolit profillerine dayanarak, 35M1 izolatı ileri çalışmalar için seçilmiştir. İlgili izolatın tüm genom dizilim (WGS) analizi sonucu türü Streptomyces sp. 35M1 olarak netleştirilmiş ve DDBJ/ENA/GenBank sistemine kaydedilmiştir (Erişim numarası: JBCLWP010000000). Preparatif ölçekli fermantasyonu takiben biyoaktivite rehberli izolasyon çalışmaları gerçekleştirilmiş, beş bileşik saflaştırılarak karakterize edilmiştir. Bu bileşikler; Actinomycin D (ActD), Actinomycin X2 (ActX2), Actinomycin XOβ (ActXOβ), Collismycin A (ColA) ve Collismycin C (ColC) olarak tanımlanmıştır. Sonrasında, ilgili moleküllerin antibiyofilm etkileri araştırılmış ve ActD ile ActX2'nin Metisiline dirençli Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes ve Staphylococcus epidermidis 'e karşı biyofilm inhibitör etkileri olduğu ortaya konmuştur. Son olarak, yeterli miktarda bulunan bileşikler ile (ActD, ActX2 ve ActXOβ) bir sinerjizm çalışması yapılmıştır. ActD ile Nalidiksik asit ve ActX2 ile Ampisilin, Nalidiksik asit ve Rifampisin kombinasyonları, gram-negatif E. coli 'ye karşı sinerjik etki göstermiş ve bu durum literatürde ilk kez rapor edilmiştir.
  • Master Thesis
    Induction of Secondary Metabolism of Some Marine Derived Streptomyces Species, and Isolation and Identification of Their Bioactive Secondary Metabolites
    (Izmir Institute of Technology, 2020) Gezer, Emre; Bedir, Erdal; Büyükkileci, Ali Oğuz
    Secondary metabolites are natural products with low molecular weight produced by different organisms. These metabolites have a wide variety of bioactivities because of their adaptive roles in the nature. These properties make secondary metabolites important source in drug discovery studies. Streptomyces genus, on the other hand, attracts attention due to their ability to produce many secondary metabolites for the treatment of various diseases, especially infectious diseases and cancer. However, secondary metabolism is not fully expressed under standard laboratory conditions as in nature. This phenomenon limits the discovery of new/novel bioactive molecules from the microbial sources. In this study, a previously studied marine derived actinobacterium, namely Streptomyces cacaoi, was investigated further to discover new antimicrobial metabolites via medium and temperature optimization using Box Behnken design. As a result, GPM medium containing 2.25% glycerol, 1% peptone water, 0.2% CaCO3, 0.1% MgCl2 in distilled water was found to provide the highest chemical diversity with potent bioactivity at 30oC. In subsequent studies, inductive effects of some microorganisms and inorganic compounds on secondary metabolism were also determined. Using optimized conditions, a larger fermentation study was undertaken (25 L) followed by extraction and isolation procedures. Sixteen metabolites were purified by chromatographic methods, and structures of the isolates were elucidated by spectral methods. Thirteen compounds, five of which were new, were members of polyketide-type polyether antibiotics. The structures of other molecules were determined as cyclo(Thr-Trp), 6-hydroxy-6-methyloctanoic acid, and 5-hydroxy-1,6-diazacycloundec-5-en-2-one, and all were found to be new. In antimicrobial tests, most polyethers were found to be active against Gram-positive bacteria. In particular, two new polyethers SC-EG-05 and SC-EG-07 showed higher antimicrobial activity than widely used antibiotic vancomycin