Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Now showing 1 - 2 of 2
Master Thesis Beyin Rejenerasyonunda Diferansiyel Olarak Eksprese Edilen Genlerin Taranması, Fonksiyonel Karakterizasyonu ve Yetişkin Zebrabalığı Modelinde Beyin Hasarını Onarma Potansiyellerinin Araştırılması(2025) Helvacıoğlu, Selin; Özhan, Hatice GüneşZebra balıkları, geniş çaplı hasarlardan sonra dahi beyinlerini yeniden oluşturabilme konusunda olağanüstü bir yeteneğe sahiptir. Bu özellikleri, onları doku onarımı ve nörogenez mekanizmalarının araştırılması için ideal bir model organizma haline getirmektedir. Laboratuvarımız tarafından daha önce yayımlanmış bir çalışmada, legumain (lgmn) adlı bir genin, erişkin zebra balıklarının telensefalon bölgesinde beyin hasarına yanıt olarak diferansiyel şekilde eksprese olduğu belirlenmiştir. Bu durum, lgmn geninin hasara yanıt olarak gelişen rejeneratif süreçte potansiyel bir rol üstlenebileceğini düşündürmektedir. Ancak, bu genin nöro-onarımdaki rolü henüz fonksiyonel olarak araştırılmamıştır. Bu çalışmada, lgmn geninin telensefalik rejenerasyon sürecindeki zamansal ve bölgesel ekspresyon modeli incelenmiş ve detaylandırılmıştır. qPCR analizleri, lgmn mRNA düzeylerinin hasar sonrası dramatik biçimde arttığını göstermiştir. Test edilen zaman noktalarında gözlenen bu artış, genin rejenerasyon süreci boyunca sürekli olarak aktif olduğunu göstermektedir. Ayrıca, lgmn mRNA'sının HuC/HuD, Sox10 ve GFAP belirteçleri ile lokalize olması, lgmn'nin hem nörogenez hem de gliogenez süreçlerinde rol oynayabileceğini düşündürmektedir. lgmn geninin fonksiyonunu değerlendirmek amacıyla, CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak bir lgmn knockout zebra balığı hattı oluşturulmuştur. Oluşan mutasyonun çerçeve kayması mutasyonuna neden olduğu, High Resolution Melting Analizi (HRMA) ve Sanger dizileme ile doğrulanmıştır. Ek olarak, knockout hattında yapılan qPCR analizleri, lgmn transkript düzeylerinde belirgin bir azalma göstermiş, bu da nonsense aracılı mRNA yıkım mekanizmasını işaret etmektedir. Genel olarak, elde edilen bulgular lgmn geninin zebra balığı beyin rejenerasyonu sürecinde çoklu aşamalarda dinamik olarak eksprese olduğunu ve nörogenez ile gliogenez sırasında rejenerasyonu destekleyici roller üstlenebileceğini ortaya koymaktadır.Master Thesis Tay-sachs Hastalığı Fare Hücrelerinde MiRNA'ların Biyolojik Rolünün Araştırılması(2025) Kaya, Beyza; Seyrantepe, VolkanTay-Sachs hastalığı, HEXA geminin mutasyonu ve β-N-asetilheksosaminidaz A enzim eksikliğine bağlı bir lizozomal depo hastalığıdır. GM2 gangliozidinin lizozomal birikimi ve bozulmuş otofajik akış daha önce Tay-Sachs hastalığı fare modeli olan Hexa- /-Neu3-/-'de bildirilmiştir. Birkaç tedavi stratejisi araştırılmış olsa da Tay-Sachs hastalığı için küratif bir tedavi yoktur. ML-SA1 bir lizozomal kalsiyum kanalı agonistidir ve otofaji ve ekzositozu indükleme yeteneği çeşitli hastalıklarda bildirilmiştir. miRNA'lar, gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası düzenleyen kodlamayan küçük RNA'lardır. miRNA'ların düzensiz ekspresyonları birkaç lizozomal depo hastalığı için incelenmiştir. Ancak, Tay-Sachs hastalığında kapsamlı miRNA profillendirmesi ve ML-SA1 tedavisi hakkında bir çalışma yoktur. Bu çalışmada ML-SA1 ile tedavi edilmiş ve edilmemiş koşullarda Hexa-/-Neu3-/- fibroblastları ve nöroglialarının kapsamlı miRNA profillerini belirleyerek hastalık patolojisiyle ilişkili spesifik miRNA'ları tanımlamak ve ML-SA1'in lizozomal ekzositoz ve bozulmuş otofaji üzerindeki etkisini değerlendirmek amaçlanmıştır. Buna göre, yeni nesil dizileme ile birlikte enzim aktivite analizi, otofaji ve ekzositoz belirteçlerinin protein ve gen ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, ML-SA1 lizozomal ekzositozu artırmış ve otofajiyi indüklemiştir. Ancak otofajik temizlenme gözlemlenmemiştir. ML-SA1 uygulanmamış Hexa-/-Neu3-/- fibroblastlar ve nöroglialarda mmu-miR-672-5p ve mmu-miR-5624-3p, WT kontrollerine kıyasla önemli ölçüde yukarı regüle edilirken, mmu-miR-6940-3p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir. ML-SA1 tedavisi üzerine, WT hücrelerine kıyasla mmu-miR-375-3p her iki hücre tipinde de önemli ölçüde yukarı regüle edilirken mmu-miR-7091-5p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir ve mmu-miR-672-5p'nin yukarı regülasyonu etkilenmemiştir. Bu bulgular lizozomal kalsiyum modülasyonunun hastalık koşulları altında miRNA regülasyonunu belirgin şekilde etkilediğini göstermektedir.