Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Filters

2024 - 20254

Settings

Subject: search.filters.subject.Molecular Medicine

Search Results

Now showing 1 - 4 of 4
  • Master Thesis
    Beyin Rejenerasyonunda Diferansiyel Olarak Eksprese Edilen Genlerin Taranması, Fonksiyonel Karakterizasyonu ve Yetişkin Zebrabalığı Modelinde Beyin Hasarını Onarma Potansiyellerinin Araştırılması
    (2025) Helvacıoğlu, Selin; Özhan, Hatice Güneş
    Zebra balıkları, geniş çaplı hasarlardan sonra dahi beyinlerini yeniden oluşturabilme konusunda olağanüstü bir yeteneğe sahiptir. Bu özellikleri, onları doku onarımı ve nörogenez mekanizmalarının araştırılması için ideal bir model organizma haline getirmektedir. Laboratuvarımız tarafından daha önce yayımlanmış bir çalışmada, legumain (lgmn) adlı bir genin, erişkin zebra balıklarının telensefalon bölgesinde beyin hasarına yanıt olarak diferansiyel şekilde eksprese olduğu belirlenmiştir. Bu durum, lgmn geninin hasara yanıt olarak gelişen rejeneratif süreçte potansiyel bir rol üstlenebileceğini düşündürmektedir. Ancak, bu genin nöro-onarımdaki rolü henüz fonksiyonel olarak araştırılmamıştır. Bu çalışmada, lgmn geninin telensefalik rejenerasyon sürecindeki zamansal ve bölgesel ekspresyon modeli incelenmiş ve detaylandırılmıştır. qPCR analizleri, lgmn mRNA düzeylerinin hasar sonrası dramatik biçimde arttığını göstermiştir. Test edilen zaman noktalarında gözlenen bu artış, genin rejenerasyon süreci boyunca sürekli olarak aktif olduğunu göstermektedir. Ayrıca, lgmn mRNA'sının HuC/HuD, Sox10 ve GFAP belirteçleri ile lokalize olması, lgmn'nin hem nörogenez hem de gliogenez süreçlerinde rol oynayabileceğini düşündürmektedir. lgmn geninin fonksiyonunu değerlendirmek amacıyla, CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak bir lgmn knockout zebra balığı hattı oluşturulmuştur. Oluşan mutasyonun çerçeve kayması mutasyonuna neden olduğu, High Resolution Melting Analizi (HRMA) ve Sanger dizileme ile doğrulanmıştır. Ek olarak, knockout hattında yapılan qPCR analizleri, lgmn transkript düzeylerinde belirgin bir azalma göstermiş, bu da nonsense aracılı mRNA yıkım mekanizmasını işaret etmektedir. Genel olarak, elde edilen bulgular lgmn geninin zebra balığı beyin rejenerasyonu sürecinde çoklu aşamalarda dinamik olarak eksprese olduğunu ve nörogenez ile gliogenez sırasında rejenerasyonu destekleyici roller üstlenebileceğini ortaya koymaktadır.
  • Master Thesis
    Tay-sachs Hastalığı Fare Hücrelerinde MiRNA'ların Biyolojik Rolünün Araştırılması
    (2025) Kaya, Beyza; Seyrantepe, Volkan
    Tay-Sachs hastalığı, HEXA geminin mutasyonu ve β-N-asetilheksosaminidaz A enzim eksikliğine bağlı bir lizozomal depo hastalığıdır. GM2 gangliozidinin lizozomal birikimi ve bozulmuş otofajik akış daha önce Tay-Sachs hastalığı fare modeli olan Hexa- /-Neu3-/-'de bildirilmiştir. Birkaç tedavi stratejisi araştırılmış olsa da Tay-Sachs hastalığı için küratif bir tedavi yoktur. ML-SA1 bir lizozomal kalsiyum kanalı agonistidir ve otofaji ve ekzositozu indükleme yeteneği çeşitli hastalıklarda bildirilmiştir. miRNA'lar, gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası düzenleyen kodlamayan küçük RNA'lardır. miRNA'ların düzensiz ekspresyonları birkaç lizozomal depo hastalığı için incelenmiştir. Ancak, Tay-Sachs hastalığında kapsamlı miRNA profillendirmesi ve ML-SA1 tedavisi hakkında bir çalışma yoktur. Bu çalışmada ML-SA1 ile tedavi edilmiş ve edilmemiş koşullarda Hexa-/-Neu3-/- fibroblastları ve nöroglialarının kapsamlı miRNA profillerini belirleyerek hastalık patolojisiyle ilişkili spesifik miRNA'ları tanımlamak ve ML-SA1'in lizozomal ekzositoz ve bozulmuş otofaji üzerindeki etkisini değerlendirmek amaçlanmıştır. Buna göre, yeni nesil dizileme ile birlikte enzim aktivite analizi, otofaji ve ekzositoz belirteçlerinin protein ve gen ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, ML-SA1 lizozomal ekzositozu artırmış ve otofajiyi indüklemiştir. Ancak otofajik temizlenme gözlemlenmemiştir. ML-SA1 uygulanmamış Hexa-/-Neu3-/- fibroblastlar ve nöroglialarda mmu-miR-672-5p ve mmu-miR-5624-3p, WT kontrollerine kıyasla önemli ölçüde yukarı regüle edilirken, mmu-miR-6940-3p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir. ML-SA1 tedavisi üzerine, WT hücrelerine kıyasla mmu-miR-375-3p her iki hücre tipinde de önemli ölçüde yukarı regüle edilirken mmu-miR-7091-5p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir ve mmu-miR-672-5p'nin yukarı regülasyonu etkilenmemiştir. Bu bulgular lizozomal kalsiyum modülasyonunun hastalık koşulları altında miRNA regülasyonunu belirgin şekilde etkilediğini göstermektedir.
  • Master Thesis
    Identification of Neuroinflammatory Markers in a Mouse Model With a Deficiency of Neu1
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Seyrantepe, Volkan; Ada, Ebru; Seyrantepe, Volkan
    Lysosomal neuraminidase 1 is responsible for sialic acid removal from oligosaccharides and glycoconjugates. Neu1 sialidase forms enzyme complex with protective protein cathepsin A, and glycosidase β-galactosidase. Mutations in Neu1 sialidase cause sialidosis, and Neu1-/- mice show symptoms of sialidosis patients. GM3 ganglioside is defined as substrate of lysosomal sialidase in vitro, and marked increase in GM3, GD3, and GM4 ganglioside levels in brain, spleen and liver autopsy tissues of sialidosis patients. Additionally, it was monitored that Neu1 has regulatory roles in immune response; expression of interleukins, activation of Toll-like receptor, and production of NF-kB in immune cells. However, relationship between inflammatory pathways and secondary lipid metabolisms in Neu1 sialidase deficiency remains unclear. Here, we aimed to investigate secondary lipid alterations and inflammatory response in tissues of Neu1-/- mice. In this study, lipidomic, molecular, histological and immunohistochemical analyses were performed in brain, spleen and kidney tissues of 2- and 5-month-old Neu1-/- mice. Decreasing levels of secondary lipids (phosphotidylcholine, phosphatidylethanolamine, and phosphotidylinositol) and elevated levels of pro-inflammatory cytokines, glycoconjugate accumulations, morphological degenerations, oligodendrocyte and neuronal loss, astrogliosis, and microgliosis were observed in brain, spleen and kidney of 2- and 5-month-old Neu1-/- mice. In the light of our findings, reduced levels of glycerophospholipids may be considered as biomarkers of activated inflammatory response in Type II sialidosis mice model. In the future studies, novel therapeutic strategies can target these altered glycerophospholipids, and their regulation can be crucial for alleviation of pathogenesis in sialidosis patients.
  • Master Thesis
    Investigation of Biomarkers Using Lipidome-Based Research Analysis in Sialidosis
    (01. Izmir Institute of Technology, 2024) Gümüş, İlker; Seyrantepe, Volkan
    Neuraminidase 1, also known as N-acetyl-α-neuraminidase, is an enzyme found in lysosomes and encoded by the NEU1 gene. This enzyme is responsible for eliminating terminal sialic acids from glycoproteins and oligosaccharides. When mutations occur in the NEU1 gene, it leads to a particular lysosomal storage disorder known as sialidosis. Sialidosis is a rare genetic disorder that is inherited in an autosomal recessive manner. Sialidosis is classified into two subtypes: Type I, which has a later onset and Type II, which presents with early onset. In previous studies, an increase in glycolipid levels in visceral organs, and accumulation of sialyloligosaccharides and sialoglycoproteins were reported. However, the effect of NEU1 sialidase on secondary lipid expression levels in sialidosis pathology remains unknown. The relationship between lipid expression levels and inflammation of human and mice sialidosis fibroblasts cell lines was analyzed for the first time in this study. To understand the connection between secondary lipid alterations and inflammation in sialidosis molecular biological approaches and shotgun lipidome analysis were followed. The link between the secondary lipid alterations and its association with sialidosis was determined in our research. We have concluded that the findings not only provide the elucidation of the lipidome characteristics in sialidosis models of mice and patients, but they also have the potential to establish a connection between the lipidome features and the occurrence of neuroinflammation in sialidosis. Grasping the correlation between the changes in secondary lipids and inflammation may offer therapeutic strategies for sialidosis patients by modulating the expression of secondary lipids.