TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149

Browse

Filters

Settings

COAR Resource Type: search.filters.itemCoarResourceType.text::journal::journal article

Search Results

Now showing 1 - 10 of 515
  • Article
    Arkeolojik Alanlarda Dijital Teknolojilerin Ziyaretçi Deneyimi Üzerindeki Önemi: Ayasofya ve Efes Deneyim Müzesi Örnekleri
    (2025) Yuce, Ali; Kaplan, Çağlayan Deniz
    Teknolojik gelişmeler, yaşamın her alanında olduğu gibi turizm faaliyetleri sırasında edinilen deneyimleri de etkilemekte ve dönüştürmektedir. Bu dönüşüm, turizmin alt türlerine göre farklılaşmaktadır. Kültür turizmi özelinde dijital teknolojiler, ziyaretçilere daha zengin, etkileşimli ve kişiselleştirilmiş deneyimler sunmaktadır. Ancak mevcut literatür, bu deneyimlerin daha çok sanat müzeleri üzerinden incelendiğini göstermekte, arkeolojik müze ve alanlardaki uygulamalara yeterince odaklanılmadığını ortaya koymaktadır. Bu çalışma arkeolojik müze ve alanları ile bu mekanlarda gerçekleştirilen dijital sunumların ziyaretçi algı ve bakış açılarına dayanan verilerin değerlendirilmesini deneyim kavramının dört alanı olan eğitim, estetik, kaçış ve eğlence deneyimi çerçevesinde yapmaktadır. Çalışmada elde edilen en önemli bulgulardan birisi dijital sunumlar ve müze mekânlarının; estetik, eğlence ve eğitim deneyimleri açısından da geliştirilmesinin dijital deneyim için büyük önem taşıdığıdır.
  • Article
    Unveiling Antibody-Mediated Allostery in Interleukin-1β Via Conformational Sampling and Machine Learning
    (2025) Uyar, Arzu
    Human interleukin-1β (IL-1β), a pivotal proinflammatory cytokine, is a therapeutic target in autoimmune and inflammatory diseases. While antibodies blocking IL-1β signaling are effective, their allosteric mechanisms remain poorly understood. This study investigates how four distinct antibodies induce long-range allosteric effects in IL-1β, leveraging computational approaches to map allosteric communication and identify critical sites. Ensembles of apo and antibody-bound IL-1β states were generated using the enhanced conformational sampling technique ClustENMD, followed by the application of two different dimensionality reduction methods in machine learning (principal component analysis, PCA; linear discriminant analysis, LDA) to the generated conformers. PCA highlighted how diverse ensembles ClustENMD generated, while LDA revealed antibody-specific allosteric effects on the human IL-1β. By integrating conformational dynamics with machine learning, this work advances a predictive framework for engineering antibodies with tailored allosteric properties. The discovery of binding sites on IL-1β might further open avenues for drug design.
  • Article
    Farklı Olgunluk İndeksi ve Depolama Koşullarında Türk Zeytinyağlarının Yağ Asidi, Sterol ve Eritrodiol+Uvaol İçeriklerinin Kemometrik Yaklaşımlarla Değerlendirilmesi
    (2025) Sevim, Didar; Köseoglu, Oya; Özdemir, Durmuş; Ünal, Mustafa Kemal
    Bu çalışmanın amacı, Ayvalık ve Memecik Türk sızma zeytinyağında olgunluk indeksi ve saklama koşullarının yağ asitleri, steroller ve eritrodiol+uvaol bileşimi üzerindeki etkisini değerlendirmek için hiyerarşik (HCA) ve temel bileşen analizleri (PCA) gibi denetimsiz sınıflandırma ve kümeleme tekniklerinden yararlanmaktır. Yağlar 15 ay süreyle oda sıcaklığında, gün ışığı koşullarında ve karanlıkta iki şeffaf cam şişe içerisinde muhafaza edildi. Kemometrik analiz, Memecik ve Ayvalık'ın iki ayrı alt gruba ayrılabileceğini ortaya çıkardı. Bulgular, oleik, behenik, araşidik, gadoleik ve MUFA asitlerinin, her iki yağ için de ilk hasat yılını ayırt etmede çok önemli olduğunu gösterdi. İkinci yılın karakterizasyon sürecinde Ayvalık zeytinyağında palmitik, palmitoleik, heptadekanoik, heptadekenoik, trans yağ asitleri, SFA ve MUFA analizleri; Memecik zeytinyağında miristik, linolenik ve PUFA bulunur. PCA sonuçları Memecik yağlarının β-sitosterol, stigmasterol, kolesterol, klerosterol, brassikasterol ve eritrodiol+uvaol içerdiğini, Ayvalık yağlarının ise kampestanol, sitosterol, kampestanol, Δ7-avenasterol, Δ5-avenasterol, toplam sterol, Δ5-7 stigmastadienol ve toplam β-sitosterol içerdiğini göstermektedir.
  • Article
    An Energy Efficient Cluster Head Selection in Priority Region Aware Wireless Sensor Networks Using Metaheuristic Algorithms
    (2025) Ugur, Aybars; Aydın, Doğan; Gökalp, Osman
    The cluster head (CH) selection problem is one of the challenges posed by wireless sensor network (WSN) design, where nodes assume leadership roles. The primary objective of this problem is energy conservation, as becoming a CH requires high energy consumption. Therefore, optimizing the CH selection process is crucial. Despite numerous attempts to solve this problem, existing algorithms do not consider area prioritization, where certain regions such as industrial facilities with hazardous zones and military surveillance areas require special attention. This work first describes the standard CH selection problem in non-priority environments and then introduces priority region-aware WSNs. It then presents how energy-efficient CH selection using metaheuristics, with a priority- and energy-aware fitness function developed in this study, can be performed in such networks for the first time in the literature. The findings from comprehensive simulation-based experiments demonstrate the superior performance of both classical and state-of-the-art metaheuristic-driven approaches compared to the baseline Low-Energy Adaptive Clustering Hierarchy (LEACH) algorithm. Specifically, the Adaptive Differential Evolution with Optional External Archive (JADE) algorithm improves the performance of LEACH by up to 16% in terms of the total priority of transferred packets. Additionally, it can extend the lifetime of nodes in high-priority regions by up to 27% to 44%.
  • Article
    Ito Yüzeylerinde Elektrodepozitlenen ZnO Nanoyapılar: Kolesterol Biyosensör Uygulamaları için Etkinliklerinin Araştırılması
    (2024) Dikici, Tuncay; Yurddaskal, Metin; Erol, Mustafa; Aykac, Ahmet; Kartal, Uğur; Özdemir, Erdem Tevfik; Uzunbayır, Begüm
    Bu çalışmada, ZnO nanoyapıları, kolesterol tespiti için ITO/cam altlıklar üzerine elektrodepozitlenen Zn'nin elektrokimyasal anodizasyonu ile hazırlanmıştır. Geliştirilen ZnO nanoyapıların Kolesterol oksidaz (ChOx) enziminin tespitindeki etkinliği döngüsel voltametri yöntemi ile belirlenmiştir. XRD ve SEM sonuçları, çeşitli parametrelerle anodizasyon yöntemiyle hazırlanan ZnO nanoyapıların sentezini doğrulamıştır. Elektrodepozisyon ve anodizasyon süresinin morfoloji üzerindeki etkisi gözlemlenmiştir. ZnO/Zn/ITO/cam ve Pt/ZnO/Zn/ITO/cam elektrotların çeşitli kolesterol konsantrasyonlarına sahip elektrolitlerdeki döngüsel voltametrisi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen Pt/ZnO/Zn/ITO/cam yapılı elektrotun tespit limiti 0,965x10-3M olarak hesaplanmıştır. Elde edilen katmanlı yapıya sahip malzeme, biyomedikal uygulamalarda elektrokimyasal sensörlerde ve biyosensörlerde potansiyel uygulamalara sahip olabilir. Bu çalışma, biyosensör performansına ek olarak, ZnO tabanlı biyosensörlerin geliştirilmesi için pahalı altyapı ve hammadde maliyeti gerektirmeyen yeni bir yaklaşım önermekte ve gelecek çalışmalarda yapılacak iyileştirmelerle daha düşük tespit limitlerine sahip yüksek hassasiyetli biyosensör elektrotlarının geliştirilmesini mümkün kılmaktadır.
  • Article
    Homojen Toprak Dolgu Barajın Suyun Üstten Aşması ve Borulanma Nedeniyle Yıkılması Üzerine Deneysel Çalışma
    (2024) Tayfur, Gokmen; Bombar, Gokcen; Büyüker, Zehra; Taşkaya, Ebru; Solmaz, Adile Nur; Karakaya, Onurhan
    Toprak dolgu baraj yıkılmalarının çoğu üstten aşma ve borulanmadan kaynaklanmakta ve ciddi can ve mal kayıplarıyla sonuçlanabilmektedir. Bu sebeple, baraj yıkılmasıyla oluşan taşkının ilerleyişinin incelenmesi ve riskli alanların tespiti, mansap bölgesinde oluşabilecek zararların önceden belirlenmesi ve önlenmesi açısından önem arz etmektedir. Bu çalışmada, homojen toprak dolgu barajların üstten aşma ve borulanma sebebiyle yıkılması sonucu oluşan taşkının ilerlemesi ve baraj gövdesinden taşınacak sedimentin taşkın dalgası ile mansaptaki hareketi deneysel olarak incelenmiştir. Baraj gövdesi, medyan tane çapı 0,441 mm olan sediment kullanılarak 30 cm yüksekliğinde, 2 m genişliğinde inşa edilmiştir. Baraj gövdesi, standart bir teknikle sıkıştırılmış her biri 10 cm yüksekliğe sahip üç kattan meydana gelmektedir. Deneyler 2 farklı noktadaki kamera ile kayıt altına alınmıştır. Deney sonunda limnimetre ile ölçülen sediment kalınlıkları verileri kullanılarak batimetri grafikleri elde edilmiştir. Borulanma nedeniyle barajın yıkılması, baraj rezervuarındaki suyun baraj gövdesindeki sedimenti mansap bölgesine taşıması ve kret genişliğinin zamanla azalmasından sonra başladığı için suyun üstten aşması durumundakine göre daha uzun sürmüştür. Taşkın dalgası, üstten aşma deneyinde baraj gövdesinin orta kısmını mansap bölgesine taşımıştır. Borulanma deneyinde ise baraj mansap bölgesindeki erozyonun zamanla genişlemesi ile rezervuardaki suyun sağ sahile 60 cm mesafedeki en zayıf kesitten barajı yıkmaya başlaması, baraj gövdesinin sağ sahile daha yakın bölgesinin mansap bölgesine taşınmasıyla sonuçlanmıştır. Deney sonuçları taşkın dalgası ekseninde yayılan sedimentin kalınlığının daha az olduğunu göstermiştir. Borulanma deneyinde sızma-erozyon boyunca baraj gövdesinden taşınan sediment, taşkın dalgasının etkisini ve yayılımını azaltmıştır. Bu azalma, borulanma deneyinde baraj mansabına yayılan sedimentin kalınlığını arttırmış, üstten aşma deneyinde daha uzun ve daha geniş sediment yayılımıyla sonuçlanmıştır.
  • Article
    Malign Melanomda Kanser Kök Hücreleri ve SHH Yolağı: Terapötik Çıkarımlar
    (2025) Özdil, Berrin; Aktug, Huseyin
    Melanom, melanositlerden kaynaklanan agresif bir cilt kanseridir. Melanom hem genetik hem de çevresel faktörlerden kaynaklanan karmaşık bir hastalıktır. Melanomda, kanser kök hücreleri (CSC'ler), kendini yenileme ve farklılaşma yetenekleri nedeniyle tümör ilerlemesinde, terapötik dirençte ve nüksde önemli bir rol oynar. Sonic Hedgehog (SHH) sinyal yolağı CSC'lerin önemli bir düzenleyicisidir ve hücre farklılaşması ve çoğalması için gereklidir. Embriyonik gelişimdeki ve kanserlerdeki rolü bilindiğinden, SHH yolağı melanomda CSC davranışını önemli ölçüde etkileyerek tümörijenisiteyi, metastazı ve tedavilere direnci teşvik eder. Bu yolak, Gli transkripsiyon faktörlerini içeren kanonik mekanizmaları ve hücre göçünü ve hücre iskeleti organizasyonunu etkileyen kanonik olmayan mekanizmaları koordine eder. SHH yolağının hedeflenmesi, Smoothened (Smo) ve Gli proteinleri gibi bileşenlere odaklanan inhibitörlerle umut verici bir terapötik strateji olarak ortaya çıkmıştır. Bununla birlikte, bu inhibitörlere karşı direnç, yeni terapötik kombinasyonların daha fazla araştırılmasını gerektirmektedir. Mevcut araştırmalar, daha etkili ve uzun süreli yanıtlar için SHH inhibitörlerini immünoterapilerle birleştirmeye odaklanmaktadır. SHH süreçlerini bozan hedefe yönelik ilaçlar, karsinogenezin temel nedenlerini ortadan kaldırmaya ve melanom hastalarının hayatta kalma oranlarını artırmaya çalışmaktadır.
  • Article
    Gender Determination by PCR Assay for the Sex-Determining Region Y(SRY) Gene Amplification in Linnaeus’s Two-Toed Sloth (Choloepus Didactylus)
    (2023) Ardicli, Sena; Bozkurt, Berkay; Çelik, Ezgi Vatansever
    In Linnaeus’s two-toed sloths (Choloepus didactylus), there is no distinct sexual dimorphism. It is an obstacle for gender determination from the external genitalia, especially in newborns or young sloths. Hence, easy, rapid, and reliable genetics-based methods for gender identification of the sloths are needed to continue captive breeding more successfully. In this study, a PCR-based technique that allows gender determination of two-toed sloths by using a sex-determining region Y (SRY) gene marker was described. The hair samples from young (suspect gender) and adult sloths (known gender) were used in genetic analysis. Initially, genomic DNA was isolated from hair root samples using Roche high pure PCR template preparation kit. The SRY primers were specifically designed based on the NCBI and Ensembl databases, and they were verified with the BLAST program concerning the two-toed sloth genome. PCR amplification with the SRY-specific primers was carried out by a programmable thermal cycler device using FastStart High Fidelity PCR System, Roche dNTPack. The samples were then electrophoresed on 2% agarose gels and were visualized by a gel documentation and analysis system. A specific band in the electrophoresis pattern is diagnostic for a male individual with a partial SRY region. Hence, the analysis demonstrated that the samples belonged to a male two-toed sloth. Two-toed sloth species are commonly preferred animals in zoos. Gender determination is inevitable for these animals in captivity to be raised successfully and healthily. Molecular genetic techniques allow high efficiency in taxonomic evaluations and gender identification in species that do not display sexual dimorphism. The PCR assay described here may be helpful for a rapid genetic analysis that can be widely used in gender determination for two-toed sloths.
  • Article
    The Association of Vertebrobasilar System Morphology and Geometry With the Posterior and Anterior Ischemic Stroke
    (Pera Yayıncılık Hizmetleri, 2025) Leblebici, Asım; Demirtas, İsmet; Ayyıldız, Sevilay; Ayyıldız, Behçet; Kuş, Koral Çağlar; Ayran, Ayşegül; Kurt, Mustafa Ayberk
    Objective: Morphometric and geometric variations in the vertebrobasilar system (VBS) may influence cerebral hemodynamics, potentially contributing to ischemic strokes in both anterior and posterior circulatory territories. This study aimed to investigate the association between VBS morphology and ischemic stroke localization. Methods: This retrospective observational study analyzed multidetector computed tomography angiography images from 431 patients (187 females, 244 males, mean age: 65.3 ± 14.6 years). Patients were categorized into three groups: anterior circulation ischemic stroke (ACIS, n=184), posterior circulation ischemic stroke (PCIS, n=88), and control subjects (n=159). Morphometric parameters were assessed using 3D Slicer software. Results: Significant differences in basilar artery (BA) length were observed between stroke groups and controls, with ACIS and PCIS groups exhibiting longer BA lengths (p<0.05). Males had significantly longer vertebral artery (VA) lengths than females in the control and ACIS groups (p value < 0.05). The vertebrobasilar junction angle was significantly wider in females than in males (p value = 0.046). BA bending was predominantly directed to the right across all groups, with no significant differences between the stroke and control groups. VA dominance was more frequent on the left in ACIS and the right in PCIS, while VA hypoplasia was less common in stroke patients compared to controls, contrary to previous reports. Conclusion: While certain morphometric and geometric variations in the VBS were observed, the evidence for a direct association between these characteristics and the localization of ischemic stroke was limited and inconclusive. These findings suggest that vertebrobasilar morphology may not independently determine stroke localization.
  • Article
    Soylulaştırmanın Kırsal Boyutu: Turizm, Tarım ve Sanayi
    (Kare Publ, 2025) Buldan, Ece; Akış, Tonguç
    Kırsal soylulaştırma, arazi özelleştirmesi ve yerinden edilme ile karakterize edilen bir süreç olup, 1990'larda devlet güdümlü mü- dahalelerin sisteme daha fazla entegre edilmesiyle yoğunlaştı. Soy- lulaştırma tarihsel referanslarını kaybederek, genelleşmiş bir olgu olarak kent merkezlerinin ötesindeki kırsal alanları da etkilemek - tedir. Bu özel gelişme, kentsel ve kırsal temeller üzerine yoğunla- şan çalışmalar üzerinden ele alınmaktadır. Günümüz söyleminde kırsal alanlar, sanayi kenti ve doğal kırsal ortamlar arasında birer hibritleşme alanı olarak tasvir edilmekte, bu alanların tüketimi, sermaye akışının etkilerini dışlamakta ve giderek daha fazla din - lenme ve turizm üzerinden şekillenmektedir. Küresel Güney ül - kelerindeki çalışmalar incelendiğinde, sanayileşme fonksiyonu da turizm ve ikincil konut sürecinin yanı sıra kırsal soylulaştırmaya katkı sağlamaktadır. Bu süreçler, hizmet ve üretim sektörlerinde ağırlıklı olarak ortaya çıkmakta, kentsel ve kırsal alanlar arasın - daki ayrımı bulanıklaştırarak araştırma ve kavramsallaştırmada zorluklar sunmaktadır. Bu boşluğu ele alarak, bu çalışma, güncel mekânsal sorunlar üzerinden kentsel-kırsal durumun bulanıklığını teorik bir katkı dahilinde bağlamsallaştırmayı amaçlamaktadır. Tu- rizm, sanayi ve tarımdaki dönüşüm süreçlerini inceleyerek, kırsal alan üretimine dair gelişmiş ve gelişmekte olan bağlamlarda tar- tışmalar sunmayı hedeflemektedir. Literatür taraması ve önemli örnekler üzerinde nitel araştırma yöntemleri kullanılarak, bu çalış- ma yeni demografik veriler aracılığıyla kentsel ve kırsal çalışmalar çerçevesinde kırsal soylulaştırmayı inceleyerek, bunun etkilerine ve uygulamalarına dair içgörüler sunacaktır. Buna uygun olarak, kırsal alana giren yeni sermaye akışının etkileri de araştırılacaktır.