Chemistry / Kimya
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/4072
Browse
20 results
Search Results
Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 2Gas Phase Fragmentation Behavior of Proline in Macrocyclic B7 Ions(American Chemical Society, 2023) Taşoğlu, Çağdaş; Arslanoğlu, Alper; Yalçın, TalatThefragmentation characteristics of b (7) ionsproduced from proline-containing heptapeptides have been studiedin detail. The study has utilized the following C-terminally amidatedmodel peptides: PA(6), APA(5), A(2)PA(4), A(3)PA(3), A(4)PA(2), A(5)PA, A(6)P, PYAGFLV, PAGFLVY, PGFLVYA, PFLVYAG,PLVYAGF, PVYAGFL, YPAGFLV, YAPGFLV, YAGPFLV, YAGFPLV, YAGFLPV, YAGFLVP,PYAFLVG, PVLFYAG, A(2)PXA(3), and A(2)XPA(3) (where X = C, D, F, G, L, V, and Y, respectively). The resultshave shown that b (7) ions undergo head-to-tailcyclization and form a macrocyclic structure. Under the collision-induceddissociation (CID) condition, it generates nondirect sequence ionsregardless of the position of the proline and the neighboring aminoacid residues. This study highlights the unusual and unique fragmentationbehavior of proline-containing heptapeptides. Following the head-to-tailcyclization, the ring opens up and places the proline residue in theN-terminal position while forming a regular oxazolone form of b (2) ions for all peptide series. Then, the fragmentationreaction pathway is followed by the elimination of proline with itsC-terminal neighbor residue as an oxazolone (e.g., PXoxa) for all proline-containing peptide series.Research Project Tek kullanımlık MALDI targetlerin geliştirilmesi:karakterizasyonu ve uygulamaları(2008) Yalçın, Talat[No Abstract Available]Research Project Peplit türevlerinin gaz farkı reaksiyon mekanizmalarının kütle spektrometre ile incelenmesi(2012) Yalçın, TalatProteinlerin aminoasit dizilimleri, ardaşık kütle spektrometresi (MS/MS) kullanılarak bulunmaktadır. Amino asit dizilimi bulunmak istenen proteinler, önce enzim yardımı ile küçük peptit gruplarına parçalanmakta ve daha sonra, bu peptitlerin, amino asit dizilimleri ardaşık kütle spektrometre kullanılarak bulunabilinmektedir. Günümüzde, ardaşık kütle spektrometre kullanarak bu tür peptitlerin gaz fazında ne tür parçalanma ürünleri verdiği konusunda çok detaylı çalışmalar yapılmış ve hâlâda yapılmaktadır. Peptitelerin, gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok iyi anlaşılması, proteinlerin sekanslarının doğru ve etkin bir şekilde bulunabilmesi için çok önemlidir. Bu konuda yapılan detaylı çalışmalar göstermektedir ki, amino asitlerin gruplanmalarını ve isimlendirmelerini belirleyen fonksiyonel grupların, peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmalarında önemli rol oynadığıdır.Research Project Proton Kopartılmış Peptit Türevlerinin Gaz Fazı Reaksiyon Mekanizmalarının Kütle Spektrometre ile İncelenmesi(2014) Yalçın, Talat; Arslanoğlu, AlperProteinler canlı organizmalardaki yaşamsal faliyetleri etkileyen ve düzenleyen en önemli yapı taşlarındandır. Hastalıklarda, kalp krizinde, stres altında v.b., hücrelereki protein seviyelerinde ve çeşitliliğinde değişmeler gözlenebilmektedir. Bu tür proteinlerin fonksiyonlarını anlayabilmek için protein sekanslarının doğru tanımlanması çok önemlidir. Özellikle hücre içi sinyal iletimi fosforlanmış proteinler vasıtasıyla yapılmaktadır ve fosforlanmış proteinlerdeki fosfor grubunun hangi pozisyondaki (serin, S, tirozin , Y, veya tironin, T) amino asite bağlandığını belirleme ve sekansın doğru yapılması, proteinin fonksiyonunu anlamak açısından önemli gerekliliktir. Günümüzde proteinlerin enzimlerle kesilmesi ile elde edilen peptitlerden elde edilen gaz fazı Kütle Spektrometre sinyalleri (pozitif ve/veya negatif iyonlar) yardımı ile peptitlerin sekanslarını ve dolayısıyla proteinlerin amino asit dizilimleri tanımlanmaya çalışılmaktadır ve doğru tanımlayabilmek açısından gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok detaylı çalışılması, yeni informatik bilgiler elde etme açısından önemlidir. Bu çalışmada, proton kopartılmış peptit türevlerinin gaz fazı reaksiyon mekanizmaları kütle spektrometre yardımı ile çalışılmıştır. Çalışmalar sırasında XAAAAAA-OH, AXAAAAA-OH, AAXAAAA-OH, AAAAXAA-OH, AAAAAXA-OH, AAAAAAX-OH, XAAAAAA-NH2, AXAAAAANH2, AAXAAAA-NH2, AAAAXAA-NH2, AAAAAXA-NH2, AAAAAAX-NH2 ve XYAGFLV-OH, YXAGFLV-OH, YAXGFLV-OH, YAGXFLV-OH, YAGFXLV-OH, YAGFLXV-OH ve YAGFLVXOH (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit serileri, sekanslarında tekli asidik amino asit içeren peptitlerle, sistematik çalışmalar yapılmıştır. Amino asidin pozisyona bağlı gaz fazı parçalanma mekanizması ve ayrıca komşu amino asitlerin yan zincirlerinin gaz fazı parçalanmasına etkileride incelenmiştir. Ayrıca, sekanslarında birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevleriylede sistematik çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalar içinde, XXYAGFLV-OH, YXXAGFLV-OH, YAXXGFLVOH, YAGXXFLV-OH, YAGFXXLV-OH, YAGFLXXV-OH, YAGFLVXX-OH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) VE XXXYAGFLV-OH, YXXXAGFLV-OH, YAXXXGFLV-OH, YAGXXXFLV-OH, YAGFXXXLV-OH, YAGFLXXXV-OH, YAGFLVXXXOH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit türevleri kullanılmıştır. Burada da birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevlerinin pozisyon etkisi ve komşu aminoasitlerin yan zincilerinin gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylandırılmıştır. Bunlara ek olarak, YAGFLVEEEE-OH ve YAGFLVEEEEE-OH peptit türevleriyle çalışılmalar yapılmıştır ve etkileri detaylandırılmıştır. Ayrıca sekanslarında serine, S, tirozine, Y, treonin, T, bulunduran peptit türevleri ilede fosforlanmış peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmaları çalışılmıştır. Bu çalışma için, AEKEpYTVD-OH, IETDKEpYT-OH, SKDESIpYV-OH, DMTpSGLPL-OH, KELLPLpSA-OH, YDMTTpSLP-OH, ve YDMpTGLPLOH fosforlanmış peptit türevleri kullanılmıştır.Research Project Puccinellia distans (Jacq.) Parl.’da boron hiperakümülasyonu ve tolerans mekanizmalarının proteomiks yaklaşım kullanarak anlaşılması(2017) Yalçın, Talat; Frary, Anne; Allmer, JensBor hem yüksek hem düsük konsantrasyonlarında bitkilerde büyüme bozukluklarına ve verim kaybına neden olmaktadır. Yüksek bor konsantrasyonundan kaynaklanan problemlerin giderilmesi için gerçeklestirilen; topragın yıkanması, topragın çinko ile zenginlestirilmesi gibi yöntemlerin bu sorunun giderilmesinde yetersiz kaldıgı gözlemlenmistir. Dünya bor rezervlerinin %71,3?üne sahip olan Türkiye?de bor toksisitesi, önemli bir tarımsal sorundur ve ülkenin belirli bölgelerindeki birçok tarım bitkinin verimini azaltmakta ve kullanılabilir tarım alanlarını kısıtlamaktadır. Dayanıklı tür belirlemeye yönelik yapılan arastırmalar sonucunda Türkiye?de bor madenlerinin bulundugu arazilerde büyüyebilen ve yüksek bor toksisitesine tolerans gösteren Puccinellia distans (çorak çimi) tanımlanmıstır. Tarımsal olarak ekonomik bir degeri olmamasına ragmen, yakın zamanda gerçeklestirilen fizyolojik çalısmaların ısıgında bünyesinde yüksek miktarlarda bor biriktirebildigi bulunmustur. Bu bitki türü ile transkriptomik düzeyde çalısılmıstır fakat üzerinde daha önce proteomik düzeyde herhangi bir çalısma gerçeklestirilmemistir. Bu projede, Puccinelia distans bitkisindeki bor toksisitesine karsı toleransta rol oynayan mekanizmalar proteomik (proteinlerin farklı ekspresiyon profillerinin çıkarılması) yaklasımla incelenmistir. Puccinellia distans bitkisindeki bor toksisitesine dayanıklılık mekanizmalarını ortaya çıkarmak için bor stresine maruz bırakılmıs bitkiler ile normal sartlarda yetistirilmis bitkilerin kök ve yapraklarından izole edilen proteinler incelenmistir. Ifadelenmesi farklı bulunan proteinlerin tanımlanması için etiketsiz (label-free) kütle spektrometresi ile ölçümler yapılmıstır. Puccinelia distans transkriptomu, Arabidopsis thaliana ve Oryza sativa proteinleri ve de novo dizileme sonuçlarında olusan bir veritabanı kullanılarak kütle spektrometre verileri analiz edilmistir, peptitler ve dolayısıyla proteinler tanımlanmıstır. Çalısma sonucunda boron transportundan sorumlu aquaporin proteinleri, tonoplastlar tanımlanmıs ve karbohidrat, lipid, protein yıkım, oksidatif stres, hormonal sinyal transdüksiyonu gibi metabolik yolların stres kosullarından etkilendigi tespit edilmistir.Research Project Bazik amino asit içeren çift-protonlanmış peptit iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometresi ile çalışılması(2018) Yalçın, TalatProteinler, hücre içindeki faaliyetlerin düzenlenmesinde önemli görevlere sahiptir. Protein içindeki amino asitlerin konumları, birbiriyle olan etkileşimleri, bazik veya asidik amino asitlerin peptit zincirine etkileri proteinlerin hücre içindeki rollerini belirlmekte ve hakkında önemli bilgiler vermektedir. Kütle Spektrometresi (MS) yöntemi, proteinlerdeki amino asit dizilimlerinin bulunmasında oldukça popüler yöntemdir. Proteinler enzimatik bölünmeye uğradığında (Tripsin), kesilmiş peptitlerin C terminalinde, her zaman lizin (K) veya arginin (R) gibi bir bazik amino asit bulunur. Amino asit dizilimlerinde, bazik amino asit ihtiva eden petit seriler ile, kolaylıkla çoklu protonlanmış peptit iyonları oluşturulabilinmektedir. Bu çalışmada, model olarak hepta peptit serileri kullanılmış ve dizilimlerinde bazik amino asitlerden, lisin (K), arjinin (R) ve histidin (H), ihtiva eden bu peptitler ile, bu aminoasitlerin pozisyon etkilerini araştırmak için peptit dizisi içinde yerleri değiştirilmiş ve bazik amino asitlerin (C terminaline ve N terminaline yakın) konumunun gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylı olarak çalışılmıştır. Sonuç olarak; bütün model peptidlerde, bazik amino asitlerin pozisyonları (N-ucundan sayılarak) 4, 5, 6, ve 7?ci pozisyonlarda olduğu zaman Klas 1 parçalanma mekanizmasına bağlı olarak gözlenen b2 ve y5 komplementeri iyonları gözlenebilmektedir. b2 ve y5 iyonlarının göreceli iyon şidetlerinin, bazik amino asitin C-ucuna yaklaştıkça arttığı gözlenmiştir. Pozisyon veya amino asidin yapısı b2 ve y5 iyonlarının oluşma mekanizmlarına bir etki gösterdiği görülmektedir. Alanin ihtiva eden birinci model peptit örneklerindeki çalışma sonuçlarına göre, b2 ve y5 iyonlarının, bazik amino asitler (N-ucundan sayıldığında) 3. cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlanmışken, aynı tür iyonlar, YAGFLV amino asit dizlimleri ihtiva eden diğer model peptit örneklerinde 4.cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlamışlardır. Sadece Serin ve Treonin amino asitleri diğerlerinden farklı davranış göstermiştir. Histidin C-ucunda bulunduğunda diğer sonuçların aksine, y5 ve b2 iyonu % 5-10 şiddete sinyal seviyesi göstermiştir.Article Bitki Proteomik Çalışmalarında Kullanılan Yaklaşımlar ve Uygulama Yöntemleri(2020) Günel, Aslıhan; Hasançebi, Semra; Yalçın, Talat; Emir, Mahmut; Demirci, Yahya Emin; Dinç, Melike; Güray, Melda ZeynepProteomik yaklaşımları 2000 li yılların başlarına kadar mikroorganizmalar ve hayvansal kaynaklı örneklerde ağırlıklı olarak kullanıldı. Bu dönemde bitki proteomik çalışmaları yok denecek kadar azdır. Bitkisel dokulardaki sert hücre çeperleri, karmaşık ve çok çeşitli sekonder metabolitlerin varlığı, fazla miktardaki pigmentler, proteazlar, polifenoller, polisakkaritler, nişasta ve lipitler total protein örneklerinin hazırlanması ve proteinlerin ayrımı sırasında pek çok soruna neden olmuştur. Ancak her bir sorunun üstesinden gelmek üzere sürdürülen çabalar sayesinde bitki dünyasında da proteomik yaklaşım kullanımı yaygınlaşmıştır. Bu derlemede, örnek hazırlığından protein tanımlamaya kadar tüm basamaklar yöntemsel gelişmeleri de kapsayacak şekilde ayrıntılı olarak ele alınmış ve konuyla ilgili araştırıcıların maksimum yararlanabileceği bir kaynak oluşturulmaya çalışılmıştır.Book Part Citation - Scopus: 1Mass Spectroscopy in Polymer Research(John Wiley and Sons Inc., 2012) Hacaloğlu, Jale; Yalçın, TalatMass spectrometers are currently available in numerous confi gurations with various ionization techniques and mass analyzers. For a specifi c polymer sample, an optimal choice should be done depending on the information sought. In practice, no single mass spectrometric technique can provide all necessary information for structural, compositional, and thermal and oxidative degradation characteristics of polymeric samples. The analyzer used determines the limits of the sensitivity and resolution and the mass range, whereas the type of ionization source specifi es the information that can be gained.Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 2Observation of the Side Chain O-Methylation of Glutamic Acid or Aspartic Acid Containing Model Peptides by Electrospray Ionization-Mass Spectrometry(Elsevier Ltd., 2017) Atik, Ahmet Emin; Güray, Melda Zeynep; Yalçın, TalatO-methylation of the side chains of glutamic acid (E) and aspartic acid (D) residues is generally observed modification when an acidified methanol/water (MeOH/dH2O) mixture is used as a solvent system during sample preparation for proteomic research. This chemical modification may result misidentification with endogenous protein methylation; therefore, a special care should be taken during sample handling prior to mass spectrometric analysis. In the current study, we systematically examined the extent of E/D methylation and C-terminus carboxyl group of synthetic model peptides in terms of different incubation temperatures, storage times, and added acid types as well as its percentages. To monitor these effects, C-terminus amidated and free acid forms of synthetic model peptides comprised of E or D residue(s) have been analyzed by electrospray ionization-mass spectrometry (ESI-MS). Additionally, LC–MS/MS experiments were performed to confirm the formation of methylated peptide product. The results showed that the rate of methylation was increased as the temperature increases along with prolong incubation times. Moreover, the extent of methylation was remarkably high when formic acid (FA) used as a protonation agent instead of acetic acid (AA). In addition, it was found that the degree of methylation was significantly decreased by lowering acid percentages in ESI solution. More than one acidic residue containing model peptides have been also used to explore the extent of multiple methylation reaction. Lastly, the ethanol (EtOH) and isopropanol (iPrOH) have been substituted separately with MeOH in sample preparation step to investigate the extent of esterification reaction under the same experimental conditions. However, in the positive perspective of view, this method can be used as a simple, rapid and cheap method for methylation of acidic residues under normal laboratory conditions.Article Citation - WoS: 4Citation - Scopus: 4Gas-Phase Structures and Proton Affinities of N-Terminal Proline Containing B2 + Ions From Protonated Model Peptides(Elsevier Ltd., 2015) Karaca, Sıla; Atik, Ahmet Emin; Elmacı, Nuran; Yalçın, TalatIn this study, we investigated the effect of the second amino acid identity of hexapeptides on gas-phase structures and the proton affinities of N-terminal proline containing b2 + ions produced from the fragmentation of b6 + ions under low-energy collision-induced dissociation (CID) tandem mass spectrometry (MS/MS). It should be noted that, among all other fragments, the b2 + and nominally b4 + (AAAA) ions ([M+H]+ → b6 + → b2 + (PX+) + b4 + (AAAA+) were mainly considered in this study. This is a unique example of consecutive cleavage of b6 + ions which fragments to b2 + and nominal b4 + ions. All structural and proton affinity calculations for b2 + ions were carried out with the B3LYP/6-31+G(d,p) level of theory. The study utilized C-terminal amidated model peptides consisting of PAAAAA-NH2 and PXAAAA-NH2 where X is phenylalanine (F), glutamic acid (E), tryptophan (W), and histidine (H) residue. Two main structural isomers of b2 + ions, namely oxazolone and diketopiperazine, have been considered for the computations. The results demonstrated that the proton affinities of oxazolone isomers of PX are greater than its diketopiperazine isomers. Higher correlation coefficient is calculated if the structure of PX is considered as oxazolone rather than diketopiperazine isomer. Additionally, a linear fit is observed between intensity ratio (PX/AAAA) and calculated proton affinities of PX ions. Additionally, MS/MS results revealed that the relative intensities of b2 +-PA, PF, and PE- ions are lower compared to the relative intensity of AAAA fragment ion. In contrast, b2 +-PW and PH- ions have higher relative intensities compared to the AAAA ion. This behavior is explained by the proton affinities of fragment ions computationally.