Chemistry / Kimya

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/4072

Browse

Filters

2009 - 200922010 - 2019192020 - 20238

Settings

Author: search.filters.author.Çağır, Ali

Search Results

Now showing 1 - 10 of 29
  • Article
    Citation - WoS: 9
    Citation - Scopus: 8
    Astragalus Saponins, Astragaloside Vii and Newly Synthesized Derivatives, Induce Dendritic Cell Maturation and T Cell Activation
    (MDPI, 2023) Yakuboğulları, Nilgün; Çağır, Ali; Bedir, Erdal; Sağ, Duygu
    Astragaloside VII (AST VII), a triterpenic saponin isolated from Astragalus species, shows promise as a vaccine adjuvant, as it supported a balanced Th1/Th2 immune response in previous in vivo studies. However, the underlying mechanisms of its adjuvant activity have not been defined. Here, we investigated the impact of AST VII and its newly synthesized semi-synthetic analogs on human whole blood cells, as well as on mouse bone marrow-derived dendritic cells (BMDCs). Cells were stimulated with AST VII and its derivatives in the presence or absence of LPS or PMA/ionomycin and the secretion of cytokines and the expression of activation markers were analyzed using ELISA and flow cytometry, respectively. AST VII and its analogs increased the production of IL-1β in PMA/ionomycin-stimulated human whole blood cells. In LPS-treated mouse BMDCs, AST VII increased the production of IL-1β and IL-12, and the expression of MHC II, CD86, and CD80. In mixed leukocyte reaction, AST VII and derivatives increased the expression of the activation marker CD44 on mouse CD4+ and CD8+ T cells. In conclusion, AST VII and its derivatives strengthen pro-inflammatory responses and support dendritic cell maturation and T cell activation in vitro. Our results provide insights into the mechanisms of the adjuvant activities of AST VII and its analogs, which will be instrumental to improve their utility as a vaccine adjuvant. © 2023 by the authors.
  • Research Project
    5-Sübstitüentli alpha,beta -doymamış laktonların sentezlenmesi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
    (2009) Çağır, Ali; Kasaplar, Pınar; Akçok, İsmail
    5,6-dihidro-2H-pyran-2-on yapısını içeren birçok doğal ürünün çeşitli biyolojik aktivitelere sahip olduğu bilinmektedir. Bunların en ilginçlerinden olan goniothalamin sağlıklı hücreler üzerinde minimal etkiye sahipken kanserli hücrelerde sitotoksik etkisi olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada goniothalaminin stiril sübstitüentinin 2-naftil grubuyla yerdeğiştirilmesiyle oluşacak konformasyonel olarak sınırlandırılmış molekülün (R)- ve (S)- enansiyomerleri 2-naftil aldehitten başlanarak literaturde bilinen yöntemlerle asimetrik olarak sentezlenmiş, PC-3, MCF-7, DU-145 ve LNCAP kanser hücreleri üzerinde test edilmiştir. Bulgular konformasyonel olarak sınırlandırılmış R enansiyomerinin aktivite üzerinde küçük bir artış gösterdiği yönündedir. 2-Naftil grubu sitiril grubuna göre daha büyük bir grup olduğundan siterik faktörlerin aktivite üzerindeki etkilerinin incelenmeside gerekli görülmüştür.
  • Research Project
    (R)-klavuzon Z'nin karaciğer kanser hücreleri ve karaciğer kanser kök hücreleri üzerindeki antikanser özelliklerinin incelenmesi
    (2015) Erdal, Esra; Delman, Murat; Çağır, Ali
    Hepatosellüler karsinoma (HSK); dünya çapında en sık görülen beşinci kanser tipi olup kanser sebebiyle olan ölümlerin üçüncü sıradaki nedenidir. HSK ölümcül bir hastalık olup bu hastalığa sahip insanların 5 yıllık yaşam süreleri oranı % 0-14 gibi düşük bir orana sahiptir. HSK’da yaşam süresi teşhisten itibaren 6 ay gibi kısa bir süre olabilmektedir. Sorafenib ve diğer sinyal inhibitörleri gibi farmasötik ajanlar ve trans-arteriyal kemo-embolizasyon, perkütan etanol enjeksiyonu gibi yöntemler de hastalığın prognozunu iyileştirememektedir. Bu nedenle hepatosellüler karsinoma (HSK) tedavisinde kullanılabilecek yeni ajanların keşfi ve işleyiş mekanizmalarının belirlenmesi büyük önem taşımaktadır. Hücrelerdeki gen regülasyonunda DNA‘nın yanı sıra histon proteinlerinin epigenetik modifikasyonununda çok büyük bir önemi vardır. Epigenetik modifikasyonlardan birisi de histon asetilasyonudur ve hücre çoğalması, farklılaşması ve homeostas için gereklidir. Histon deastilazlar (HDAS); asetil gruplarını histon proteinlerinden ve histon olmayan bazı diğer proteinlerden uzaklaştırarak kromatinin yoğunlaşmasını ve transkripsiyonel represyonu sağlarlar. Bu süreçteki bozuklukların kansere sebep olabildiği ve pek çok kanser tipinde HDAS’ların aşırı ekspresyonu saptanmıştır. HDAS’ların aşırı aktivite göstermesiyle histonlardan asetil grupları uzaklaştırılıp tümör baskılayıcı genler eksprese edilememektedir. Hepatosellüler karsinoma’da HDAS’ların önemli bir rolü olduğu çok sayıda çalışmayla gösterilmiştir.
  • Research Project
    Yeni 5,6-dihidro-2h-piran-2-on Türevlerinin Kanserli ve Sağlıklı Pankreas Hücreleri Üzerindeki Sitotoksik Aktivitelerinin Mekanistik İncelenmesi
    (2015) Çağır, Ali; Kanbur, Tuğçe; Kara, Murat
    Proje kapsamında on adet yeni 4-alkilnaftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2-on türevi ile beş adet 1-naftil sübstitüeli 3,6-dihidro-2H-piran-2-on türevinin sentezi gerçekleştirilmiştir. Sentezlere 4-metil-1-naftoik asitten başlanmış ve yedi basamakta tamamlanmıştır. İlk basamakta naftoik asitin etanolle kondenzasyonundan etil ester elde edilmiş daha sonra NBS ile benzilik brominasyonu gerçekleştirilmiştir. Elde edilen 4- (bromometil)-1-naftoatın alkilmagnezyum kupratlarla olan tepkimesinden benzilik alkilasyon gerçekleştirilmiş ve daha sonra etil 4-alkil-1-naftoat türevleri önce LiAlH4 ile benzilik alkollere indirgenmiş sonrasında ise PCC ile aldehitlere çevrilmişlerdir. Elde edilen aldehitlere yine yüksek verimlerle allilmagnezyum bromür eklenmiş ve homoallilik alkoller oluşturulmuştur. Bu alkoller daha sonra akrilat esterlerine çevrildikten sonra Grubbs katalizörü ile hedeflenen ,- doymamış laktonlara çevrilmişlerdir. Sentez yönteminde benzilik C-C bağ oluşturulması hariç diğer tepkimelerde genelde yüksek verimler elde edilmiştir. Sentezleri tamamlanan yeni 4-alkilnaftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2-on türevleri sağlıklı pankreas (HPDEC) ve pankreas kanseri (MIA PaCa-2) hücreleri üzerinde test edilmiş ve moleküllerin her iki hücre hattına da sitotoksik etkisi olduğuna ve herhangi bir seçicilik göstermediği gözlemlenmiştir. Bunun yanında kuvvetli sitotoksik etkiye sahip 4- metilnaftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2-on maddesinin düşük dozlarda pankreas kanser hücrelerinde apoptoza neden olmazken S1 fazında arreste neden olduğu, yüksek dozlarda ise apoptoza neden olurken hem S hem de G2 arreste neden olduğu gözlemlenmiştir. Daha önce naftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2-on türevlerinin Topo I enzimi üzerindeki inhibisyon etkisi tarafımızdan gösterilmişti. Burada ise bu inhibisyonun zamana bağlı olduğu ve naftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2-on türeviyle Topo I enziminin preinkübasyonunun inhibisyona olumlu etkisi olduğu belirlenmiştir. Muhtemel Topo I inhibisyonuyla açığa çıkacak DNA kırıklarını belirleyebilmek içinse KOMET kuyruk oluşum assayı yapılmış ve 5 ile 10 μM dozlarda 4-metilnaftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2- on ile 24 saat inkübe edilen MIA PaCa-2 hücrelerinde DNA kırıklarının oluşumu bariz bir şekilde ortaya konmuştur.
  • Research Project
    Yeni 2’-alkil Türevlendirilmiş Klavuzon Türevlerinin Sentezlenmesi ve Potansiyel Anti-kanser Özelliklerinin Belirlenmesi
    (2017) Çağır, Ali
    Proje kapsamında on adet yeni 2-(alkoksimetil)naftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2Hpiran-2-on türevinin rasemik sentezi gerçekleştirilmiştir. Sentezlere 2-metil-1-naftoik asitten başlanmış ve yedi basamakta tamamlanmıştır. İlk basamakta, naftoik asitin etil iyodürle bazik ortamda yer değiştirme tepkimesinden etil ester elde edilmiş daha sonra NaBrO3-NaHSO3 karışımı kullanılarak benzilik brominasyonu gerçekleştirilmiştir. Elde edilen etil 2-(bromometil)1-naftoatın farklı primer alkoksitlerle olan nükleofilik yerdeğiştirme tepkimesinden benzilik alkilasyon gerçekleştirilmiş ve daha sonra etil 2-alkoksimetil-1-naftoat türevleri önce LiAlH4 ile benzilik alkollere indirgenmiş sonrasında ise PCC ile aldehitlere çevrilmişlerdir. Elde edilen aldehitlere yine yüksek verimlerle allilmagnezyum bromür eklenmiş ve homoallilik alkoller oluşturulmuştur. Bu alkoller daha sonra akrilat esterlerine çevrildikten sonra Grubbs katalizörü ile hedeflenen ,-doymamış laktonlara çevrilmişlerdir. Sentezleri tamamlanan yeni 2-(alkoksimetil)naftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2Hpiran-2-on türevleri sağlıklı pankreas (HPDEC) ve pankreas kanseri (MIA PaCa-2) hücreleri üzerinde test edilmiş ve moleküllerin her iki hücre hattına da sitotoksik etkisi olduğuna ve kanserli hücrelere karşı seçici sitotoksik aktivitenin ancak izobütoksi grubun varlığında gözlemlenmiştir. Daha önce naftalin-1-il sübstitüeli 5,6-dihidro-2H-piran-2-on türevlerinin Topo I enzimi üzerindeki inhibisyon etkisi tarafımızdan gösterilmiştir. Bu çalışmada elde edilen 2’alkoksimetilklavuzon türevlerinin zamana ve konsantrasyona bağlı Topo I inhibisyon özellikleri de gösterilmiştir.
  • Research Project
    Çeşitli ilaç etken maddelerinin kapiler elektrokromatografi ile tayini için yeni kapiler kolonlar geliştirilmesi
    (2018) Eroğlu, Ahmet Emin; Çağır, Ali; Karabudak, Engin; Yıldız, Ümit Hakan
    Projenin amacı, üç farklı ilaç etken madde grubundan beta-blokerler (metoprolol ve atenolol), anti-kanser ilaçları (5-florourasil ve azasitidin) ve diüretik ilaçların (bendroflumetiazid, klorotiazid ve hidroklorotiazid), kapiler elektroforez ve kapiler elektrokromatografi ile tayini için yeni metotlar gelistirilmesidir. Ilk çalısmada, anti kanser ilaçların etken maddesi olan 5- florourasil ve 5-azasitidin için farklı formülasyonlara (farklı fonksiyonel monomerler, porojenler ve monomer:çapraz baglayıcı oranları) sahip moleküler baskılanmıs polimerler (MIP) sentezlendi. Çözelti pH?sı, çalkalama süresi, sorbent miktarı gibi parametreler optimize edildi ve bu kosullarda 5-FU ve 5AC için dedeksiyon limit (LOD) degerleri sırasıyla 0.40 mg/L ve 0.28 mg/L ve tayin limit (LOQ) degerleri 1.33 mg/L ve 0.92 mg/L olarak hesaplandı. Ikinci çalısmada, analit grubu olarak seçilen tiazidlerin belirlenmesinde kullanılacak kapiler elektrokromatografi kolonu hazırlanması için sol-jel kimyası ve moleküler baskılama teknigi kullanıldı. Modifiye silika sol-jeller (amin- ve fenil-modifiye) ve farklı MIP materyalleri (inorganik- ve organik-bazlı) duragan faz kaplama malzemesi olarak kullanılmak için sentezlendi. Kolon içine yüklenecek maddenin seçimi için kapiler elektroforez (CE) öncesinde sorpsiyon çalısması yapıldı. Kritik deneysel parametreler optimize edildi; elektrolit çözeltisi olarak pH?sı 9.4?e ayarlanmıs 10.0 mM borat seçildi. Çalısma voltajı 25 kV, kaset sıcaklıgı 30.0 °C?ye sabitlendi. LOD degerleri 0.20 mg/L ile 0.30 mg/L, LOQ degerleri 0.44 mg/L ile 0.99 mg/L arasında bulundu. Çalısmanın üçüncü kısmında, ß-blokerlerin tayini için moleküler baskılanmıs organik-inorganik polimerler ve sol-jel metoduyla silikat nanopartikülleri sentezlendi ve kapiler elektrokromatografi kolonunda kaplama/dolgu malzemesi olarak kullanıldı. Sentezlenen üç farklı sorbentin sorpsiyon performansı kıyaslandı. Moleküler baskılanmıs organik polimerlerin metoprolole yüksek sorpsiyon kapasitesi ve seçicilik gösterdigi belirlendi. Duragan faz optimizasyon çalısmalarından sonra CEC kolonu gelistirildi ve analitik performansı incelendi. Söz konusu kolonla yapılan çalısmalarda metoprolol için LOD ve LOQ degerleri sırasıyla 10.0 mg/L ve 32.0 mg/L olarak hesaplandı.
  • Conference Object
    Citation - WoS: 1
    Immunomodulatory Mechanisms of Astragalus Saponins
    (Wiley, 2021) Yakuboğulları, Nilgün; Çağır, Ali; Bedir, Erdal; Sağ, Duygu
  • Article
    Citation - WoS: 15
    Citation - Scopus: 14
    Target-Driven Design of a Coumarinyl Chalcone Scaffold Based Novel Ef2 Kinase Inhibitor Suppresses Breast Cancer Growth in Vivo
    (American Chemical Society, 2021) Önder, Ferah Cömert; Kahraman, Nermin; Atıcı, Esen Bellur; Çağır, Ali; Kandemir, Hakan; Tatar, Gizem; Taşkın Tok, Tuğba
    Eukaryotic elongation factor 2 kinase (eEF-2K) is an unusual alpha kinase involved in protein synthesis through phosphorylation of elongation factor 2 (EF2). eEF-2K is highly overexpressed in breast cancer, and its activity is associated with significantly shortened patient survival and proven to be a potential molecular target in breast cancer. The crystal structure of eEF-2K remains unknown, and there is no potent, safe, and effective inhibitor available for clinical applications. We designed and synthesized several generations of potential inhibitors. The effect of the inhibitors at the binding pocket of eEF-2K was analyzed after developing a 3D target model by using a domain of another a-kinase called myosin heavy-chain kinase A (MHCKA) that closely resembles eEF-2K. In silico studies showed that compounds with a coumarin-chalcone core have high predicted binding affinities for eEF-2K. Using in vitro studies in highly aggressive and invasive (MDA-MB-436, MDA-MB-231, and BT20) and noninvazive (MCF-7) breast cancer cells, we identified a lead compound that was highly effective in inhibiting eEF-2K activity at submicromolar concentrations and at inhibiting cell proliferation by induction of apoptosis with no toxicity in normal breast epithelial cells. In vivo systemic administration of the lead compound encapsulated in single lipid-based liposomal nanoparticles twice a week significantly suppressed growth of MDA-MB-231 tumors in orthotopic breast cancer models in nude mice with no observed toxicity. In conclusion, our study provides a highly potent and in vivo effective novel small-molecule eEF-2K inhibitor that may be used as a molecularly targeted therapy breast cancer or other eEF-2K-dependent tumors.
  • Article
    Citation - WoS: 2
    Citation - Scopus: 3
    1-Octanol Is a Functional Impurity Modifying Particle Size and Photophysical Properties of Colloidal Zncdsse/Zns Nanocrystals
    (American Chemical Society, 2021) Sevim Ünlütürk, Seçil; Çağır, Ali; Varlıklı, Canan; Özçelik, Serdar
    Impurities in trioctylphophine (TOP) strongly affect nanocrystal synthesis. 1-Octanol among other contaminants in TOP is identified for the first time as a functional impurity by H-1 NMR. The deliberate addition of 1-octanol into trioctylphosphine reduced particle size and modified photophysical properties of ZnCdSSe/ZnS colloidal nanocrystals. NMR analysis furthermore revealed that 1-octanol is bonded to the nanocrystal surfaces. The ratio of integrals for the O-CH2 protons of 1-octanol, which is the lowest compared to the other ligands, suggests that 1-octanol plays a critical role to tune the particle size of nanocrystals. The increased amount of 1-octanol added into TOP reduces the particle size from 9.8 to 7.2 nm, causing a progressive blue shift in the UV-vis and PL spectra but leaving the alloy composition unaffected. The rate of nonradiative processes is enhanced with the amount of 1-octanol added into TOP, correlating with higher dislocation density observed in the nanocrystals. As a conclusion, 1-octanol is proposed as a functional impurity that varies particle size and nonradiative photophysical processes in the ZnCdSSe/ZnS colloidal nanocrystals.
  • Article
    Citation - WoS: 2
    Citation - Scopus: 2
    Novel 2 '-alkoxymethyl Substituted Klavuzon Derivatives as Inhibitors of Topo I and Crm1
    (Academic Press, 2020) Çetinkaya, Hakkı; Yıldız, Mehmet Salih; Kutluer, Meltem; Alkan, Aylin; Otaş, Hasan Ozan; Çağır, Ali
    In this work, 2'-alkoxymethyl substituted klavuzon derivatives were prepared starting from 2-methyl-1-naphthoic acid in eight steps. Anticancer potencies of the synthesized compounds were evaluated by performing MTT cell viability test over cancerous and healthy pancreatic cell lines, along with CRM1 inhibitory properties in HeLa cells by immunostaining and Topo I inhibition properties by supercoiled DNA relaxation assay. Their cytotoxic activities were also presented in hepatocellular carcinoma cells (HuH-7) derived 3D spheroids. Among the tested klavuzon derivatives, isobutoxymethyl substituted klavuzon showed the highest selectivity of cytotoxic activity against pancreatic cancer cell line. They showed potent Topo I inhibition while their CRM1 inhibitory properties somehow diminished compared to 4'-alkylsubstituted klavuzons. The most cytotoxic 2'-methoxymethyl derivative inhibited the growth of the spheroids derived from HuH-7 cell lines and PI staining exhibited time and concentration dependent cell death in 3D spheroids.