Chemistry / Kimya

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/4072

Browse

Filters

2014 - 201912020 - 20232

Settings

Author: search.filters.author.Arslanoğlu, Alper

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Article
    Citation - WoS: 2
    Citation - Scopus: 2
    Gas Phase Fragmentation Behavior of Proline in Macrocyclic B7 Ions
    (American Chemical Society, 2023) Taşoğlu, Çağdaş; Arslanoğlu, Alper; Yalçın, Talat
    Thefragmentation characteristics of b (7) ionsproduced from proline-containing heptapeptides have been studiedin detail. The study has utilized the following C-terminally amidatedmodel peptides: PA(6), APA(5), A(2)PA(4), A(3)PA(3), A(4)PA(2), A(5)PA, A(6)P, PYAGFLV, PAGFLVY, PGFLVYA, PFLVYAG,PLVYAGF, PVYAGFL, YPAGFLV, YAPGFLV, YAGPFLV, YAGFPLV, YAGFLPV, YAGFLVP,PYAFLVG, PVLFYAG, A(2)PXA(3), and A(2)XPA(3) (where X = C, D, F, G, L, V, and Y, respectively). The resultshave shown that b (7) ions undergo head-to-tailcyclization and form a macrocyclic structure. Under the collision-induceddissociation (CID) condition, it generates nondirect sequence ionsregardless of the position of the proline and the neighboring aminoacid residues. This study highlights the unusual and unique fragmentationbehavior of proline-containing heptapeptides. Following the head-to-tailcyclization, the ring opens up and places the proline residue in theN-terminal position while forming a regular oxazolone form of b (2) ions for all peptide series. Then, the fragmentationreaction pathway is followed by the elimination of proline with itsC-terminal neighbor residue as an oxazolone (e.g., PXoxa) for all proline-containing peptide series.
  • Research Project
    Proton Kopartılmış Peptit Türevlerinin Gaz Fazı Reaksiyon Mekanizmalarının Kütle Spektrometre ile İncelenmesi
    (2014) Yalçın, Talat; Arslanoğlu, Alper
    Proteinler canlı organizmalardaki yaşamsal faliyetleri etkileyen ve düzenleyen en önemli yapı taşlarındandır. Hastalıklarda, kalp krizinde, stres altında v.b., hücrelereki protein seviyelerinde ve çeşitliliğinde değişmeler gözlenebilmektedir. Bu tür proteinlerin fonksiyonlarını anlayabilmek için protein sekanslarının doğru tanımlanması çok önemlidir. Özellikle hücre içi sinyal iletimi fosforlanmış proteinler vasıtasıyla yapılmaktadır ve fosforlanmış proteinlerdeki fosfor grubunun hangi pozisyondaki (serin, S, tirozin , Y, veya tironin, T) amino asite bağlandığını belirleme ve sekansın doğru yapılması, proteinin fonksiyonunu anlamak açısından önemli gerekliliktir. Günümüzde proteinlerin enzimlerle kesilmesi ile elde edilen peptitlerden elde edilen gaz fazı Kütle Spektrometre sinyalleri (pozitif ve/veya negatif iyonlar) yardımı ile peptitlerin sekanslarını ve dolayısıyla proteinlerin amino asit dizilimleri tanımlanmaya çalışılmaktadır ve doğru tanımlayabilmek açısından gaz fazı parçalanma mekanizmalarının çok detaylı çalışılması, yeni informatik bilgiler elde etme açısından önemlidir. Bu çalışmada, proton kopartılmış peptit türevlerinin gaz fazı reaksiyon mekanizmaları kütle spektrometre yardımı ile çalışılmıştır. Çalışmalar sırasında XAAAAAA-OH, AXAAAAA-OH, AAXAAAA-OH, AAAAXAA-OH, AAAAAXA-OH, AAAAAAX-OH, XAAAAAA-NH2, AXAAAAANH2, AAXAAAA-NH2, AAAAXAA-NH2, AAAAAXA-NH2, AAAAAAX-NH2 ve XYAGFLV-OH, YXAGFLV-OH, YAXGFLV-OH, YAGXFLV-OH, YAGFXLV-OH, YAGFLXV-OH ve YAGFLVXOH (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit serileri, sekanslarında tekli asidik amino asit içeren peptitlerle, sistematik çalışmalar yapılmıştır. Amino asidin pozisyona bağlı gaz fazı parçalanma mekanizması ve ayrıca komşu amino asitlerin yan zincirlerinin gaz fazı parçalanmasına etkileride incelenmiştir. Ayrıca, sekanslarında birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevleriylede sistematik çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmalar içinde, XXYAGFLV-OH, YXXAGFLV-OH, YAXXGFLVOH, YAGXXFLV-OH, YAGFXXLV-OH, YAGFLXXV-OH, YAGFLVXX-OH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) VE XXXYAGFLV-OH, YXXXAGFLV-OH, YAXXXGFLV-OH, YAGXXXFLV-OH, YAGFXXXLV-OH, YAGFLXXXV-OH, YAGFLVXXXOH, (X=Glutamik Asit, E, veya Aspartik Asi D) peptit türevleri kullanılmıştır. Burada da birden fazla asidik amino asit içeren peptit türevlerinin pozisyon etkisi ve komşu aminoasitlerin yan zincilerinin gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylandırılmıştır. Bunlara ek olarak, YAGFLVEEEE-OH ve YAGFLVEEEEE-OH peptit türevleriyle çalışılmalar yapılmıştır ve etkileri detaylandırılmıştır. Ayrıca sekanslarında serine, S, tirozine, Y, treonin, T, bulunduran peptit türevleri ilede fosforlanmış peptitlerin gaz fazı parçalanma mekanizmaları çalışılmıştır. Bu çalışma için, AEKEpYTVD-OH, IETDKEpYT-OH, SKDESIpYV-OH, DMTpSGLPL-OH, KELLPLpSA-OH, YDMTTpSLP-OH, ve YDMpTGLPLOH fosforlanmış peptit türevleri kullanılmıştır.
  • Article
    Gas-Phase Fragmentation Reactions of A7 Ions Containing a Glutamine Residue
    (Wiley-Blackwell, 2021) Atik, Ahmet; Arslanoğlu, Alper; Yalçın, Talat; Atik, Ahmet; Arslanoğlu, Alper; Yalçın, Talat
    The gas-phase fragmentation reactions of the a7 ions derived from glutamine (Q) containing model heptapeptides have been studied in detail with low-energy collision-induced dissociation (CID) tandem mass spectrometry (MS/MS). Specifically, the positional effect of the Q residue has been investigated on the fragmentation reactions of a7 ions. The study involves two sets of permuted isomers of the Q containing model heptapeptides. The first set contains the QAAAAAA sequence, and the second set involves of QYAGFLV sequence, where the position of the Q residue is changed from N- to C-terminal gradually for both peptide series. An intense loss of ammonia from the a7 ions followed by internal amino acid eliminations strongly supports forming the imine-amides structure via cyclization/rearrangement reaction for all studied a7 ions. This is in agreement with the pioneering study reported by Bythell et al. (2010, 10.1021/ja101556g). A novel rearrangement reaction is detected upon fragmentation of imine-amide structure, which yields a protonated C-terminal amidated hexapeptide excluding the Q residue. A possible fragmentation mechanism was proposed to form the protonated C-terminal amidated hexapeptide, assisted via nucleophilic attack of the side chain amide nitrogen of the Q residue on its N-protonated imine carbon atom of the rearranged imine-amide structure. Highlights: The gas-phase fragmentation reactions of a7 ions obtained from protonated model peptides containing glutamine residue were studied by ESI-MS/MS. A rearranged imine-amide structure is the predominant even for a7 ions. Novel rearrangement reaction is observed which forms a protonated C-terminal amidated hexapeptide excluding Q residue upon fragmentation of the imine-amide structure.