Chemistry / Kimya
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/4072
Browse
34 results
Search Results
Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 2A Novel Approach Utilizing Rapid Thin-Film Microextraction Method for Salivary Metabolomics Studies in Lung Cancer Diagnosis(Elsevier, 2024) Pelit, Fusun; Erbas, Ilknur; Ozupek, Nazli Mert; Gul, Merve; Sakrak, Esra; Ocakoglu, Kasim; Goksel, Ozlem; Özdemir, DurmuşThis study investigated the potential of targeted salivary metabolomics as a convenient diagnostic tool for lung cancer (LC), utilizing a rapid TFME-based method. It specifically examines TFME blades modified with SiO2 nanoparticles, which were produced using a custom-made coating system. Validation of the metabolite biomarker analysis was performed by these blades using liquid chromatography-tandem mass spectroscopy (LCMS/MS). The extraction efficiencies of SiO2 nanoparticle/polyacrylonitrile (PAN) composite-coated blades were compared for 18 metabolites. Response surface methodology (RSM) was used to optimize the analysis conditions. Linear calibration plots were obtained for all metabolites at concentrations between 0.025 to 4.0 mu g/mL in the presence of internal standard, with correlation coefficients (R-2) ranging from 0.9975 to 0.9841. The limit of detection (LOD) and limit of quantitation (LOQ) were in the range of 0.014 to 0.97 mu g mL(-1) and 0.046 to 3.20 mu gmL(-1), respectively. The %RSD values for all analytes were within the acceptable range (less than 20 %) for the proposed method. The method was applied to the saliva samples of 40 patients with LC and 38 healthy controls. The efficacy of metabolites for LC diagnosis was determined by in silico methods and the results reveal that phenylalanine and purine metabolism metabolites (e.g., hypoxanthine) are of great importance for LC diagnosis. Furthermore, potentially significant biomarker analysis results from the ROC curve data reveal that proline, hypoxanthine, and phenylalanine were identified as potential biomarkers for LC diagnosis.Article Citation - WoS: 9Citation - Scopus: 8Quantitative Determination of Phenolic Compounds in Propolis Samples From the Black Sea Region (türkiye) Based on Hptlc Images Using Partial Least Squares and Genetic Inverse Least Squares Methods(Elsevier, 2023) Güzelmeriç, Etil; Özdemir, Durmuş; Şen, Nisa Beril; Çelik, Cansel; Yeşilada, ErdemThe complex chemical composition of propolis is related to the plant source to be used by honeybees. Propolis type is defined based on the plant source with the highest proportion in its composition, which is determined by chromatographic techniques as high-performance thin-layer chromatography (HPTLC). In addition to marker component identification to specify the propolis type, quantification of its proportion is also significant for prediction and reproducible pharmacological activity. One drawback for propolis marker component quantita-tion is that during the chromatographical analysis, not the main but the other plant sources with less proportion may cause interferences during the chemical analysis. In this study, the amounts of marker components were compared with the reference analysis data obtained by high-performance liquid chromatography (HPLC) and from HPTLC images using Partial Least Squares (PLS) and Genetic Inverse Least Squares (GILS) regression methods. Firstly, HPTLC images of propolis samples were processed by an image algorithm (developed in MATLAB) where the bands of each standard and the samples were cut same dimensional pieces as 351 x 26 pixels in height and width, respectively. Simultaneously, reference analysis of the marker components in propolis samples was performed with a validated HPLC method. Consequently, the reference values obtained from HPLC versus PLS, and GILS predicted values of the eight compounds based on the digitized HPTLC images of the chromatograms were found to be matched successfully. The results of the multivariate calibration models demonstrated that HPTLC images could be used quantitatively for quality control of propolis used as a food supplement.Article Citation - WoS: 2Citation - Scopus: 4Identification of Turkish Extra Virgin Olive Oils Produced in Different Regions by Using Nmr (h-1 and C-13) and Irms (c-13/C-12)(Wiley, 2023) Sevim, Didar; Köseoğlu, Oya; Ertaş, Hasan; Özdemir, Durmuş; Ulaş, Mehmet; Günnaz, Salih; Çelenk, Veysel UmutIsotope ratio mass spectroscopy (IRMS) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy techniques are two of the analytical methods that are used to characterize food products. The aim of this study is to classify extra virgin olive oil (EVOO) samples collected from different regions of Turkey based on H-1 and C-13 NMR spectra along with IRMS d(13)C carbon isotope ratio data by using chemometrics multivariate data analysis methods. A total of 175 EVOO samples were analyzed in 2014/15 and 2015/16 harvest seasons. Multivariate classification and clustering models were used to identify geographical and botanical origins of the EVOOs. IRMS results showed that there was no significant difference in terms of d(13)C values between the years in terms of harvest year (p > 0.05), only extraction phase and variety were statistically significant factors (p < 0.05). The interactions of the factors showed that the harvest year x variety interaction is important. The outcomes of this research clearly indicated that considering the partial least squares discriminant analysis result with NMR spectra, the percent success of the model in the South Marmara, North Aegean, and South Aegean region samples were 95%, 95.7%, and 96.4% in the model set, respectively. The results showed that by using classification and clustering models, geographic marking and labeling of these oils can be carried out regardless of differences in year and production systems (2 and 3 phase extraction system) according the NMR analysis.Research Project Salebin taklit ve tağşişinin belirlenmesinde kullanılabilecek hızlı analiz yöntem(ler)inin geliştirilmesi(2018) Sezik, Ekrem; Özdemir, Durmuş; Gümüş, Cevdet; Kılıç, Serpil; Cengiz, Mehmet Fatih; Karakaş Budak, BarçınBu projenin amacı, toz salep ürününün hakiki olup olmadıgının ortaya konulmasında veya tagsise ugratılıp ugratılmadıgının belirlenmesinde kullanılabilecek yenilikçi, hızlı, güvenilir ve ekonomik analiz yöntem(ler)inin gelistirilmesidir. Bu kapsamda, Türkiye?nin farklı bölgelerindeki salep toplama alanlarından salep yumruları toplanılmıs ve teknigine uygun olarak hazırlanarak gerçek oldugundan emin olunan salep tozları elde edilmistir. Taklit ve tagsis materyalleri ise gamlar, nisastalar, ticari katkılar ve diger taklit/tagsis maddeleri olmak üzere dört ana grupta sınıflandırılmıs ve gruplardaki malzemelerin her biri üç farklı tedarikçiden temin edilmistir. Hazırlanan gerçek salep tozları ve taklit/tagsis maddeleri temel analizler (rutubet, kül, protein ve indirgen seker), enzimatik analizler (glikomannan ve toplam nisasta) ve aletsel analizler (elementel bilesimler, kızılötesi spektrumlar, izotop oranları, karbonhidrat bilesikleri, organik asit bilesikleri ve amino asit bilesikleri) açısından analizlere tabi tutulmus ve elde edilen sonuçlar kemometrik yöntemlerle degerlendirilerek incelenen parametrelerin salep ve taklit/tagsis maddeleri arasındaki ayrımındaki dogru tahmin oranları belirlenmistir. Salep ile taklit ve tagsis maddeleri arasındaki ayrımın belirlenmesi amacıyla gerçeklestirilen tüm yöntemler degerlendirildiginde; dogru tahmin oranları açısından sırasıyla amino asit, elementel, enzimatik, izotop, karbonhidrat, organik asit ve temel bilesenler analizlerinin önemli oldugu sonucuna varılmıstır. Bununla birlikte, hızlı ve ekonomik bir yöntemin gelistirilmesi için FTIR cihazı kullanılarak çok degiskenli ölçümleme ve modelleme çalısmaları gerçeklestirilmistir. Belirtilen cihazla yapılan çalısmalarda, GILS modeli ile yapılan çalısmalarda bilesiminde salep oranı bilinmeyen toz numunelerdeki salep miktarlarının ±%5,76 hata payı ile ölçülebilecegi tespit edilmistir. Projenin sonraki asamasında ayrım konusunda önemli bulunan yöntemler %0-%100 ve %0- %10 aralıklarında farklı oranlarda salep içerecek sekilde hazırlanmıs karısımlarla denenerek yöntemlerdeki parametrelerin hangi düzeyde tespit saglayabildigi ve tekrarlanabilirligi arastırılmıstır. Bu çalısmalarda, enzimatik analiz parametrelerinden glikomannan ve toplam nisastanın, elementel bilesenlerden Fe, Mn, Cu, Co ve Ga; izotop bilesenlerinden 13C/12C oranının, organik asit bilesenlerinden malik ve fumarik asitlerin ve aminoasit bilesiklerinden ise sistein hariç tüm aminoasit parametrelerinin %0-%100 oranlarındaki salep miktarı ile önemli düzeyde dogrusal sonuçlar ürettigi belirlenmistir. Ayrıca, %0-%10 aralıgında gerçek salep içeren reçetelerde ise enzimatik analiz parametrelerinden glikomannan ve toplam nisastanın, elementel bilesenlerden Mn ve Co, organik asit bilesenlerinden malik asitin ve aminoasit bilesiklerinden ise lizin, histidin, arjinin, prolin, valin, tirozin, lösin + izolösin ve fenilalanin parametrelerine ait degerlerin karısımdaki gerçek salep oranı ile yüksek düzeyde dogrusal oldugu belirlenmistir. Salep ile taklit tagsis maddeleri arası ayrımda öne çıkan en önemli parametre glikomannan olarak bulunmasına ragmen, gerçeklestirilen çok degiskenli regresyon analizi sonuçlarına göre; fenilalanin, lösin+izolösin, lizin, arjinin ve histidin birlesimin salep oranı bilinmeyen örneklerde kritik oldugu sonucuna varılmıstır. Belirtilen kombinasyonun regresyon formülünün kullanılması durumunda ise karsımdaki salep oranının ±%1 hassasiyetle belirlenebilecegi mümkün görülmüstür. Proje sonucunda, ülkemizin profilini yansıtan salep numunelerinin enzimatik ve kimyasal analizleri gerçeklestirilerek kapsamlı bilesimleri açıga çıkarıldıgı gibi, salep ve diger taklit tagsis maddeleri arasında önemli bulunan parametreler belirlenmistir. Bu çerçevede gelistirilen yöntemlerin ilgili birimler tarafından kullanılması ile salebin yurt dısına çıkısının önlenmesi ve böylelikle endemik olan veya olmayan Türkiye orkidelerinin korunmasına katkılar saglanması ümit edilmektedir.Article Development of Chemometrics Method Based on Infrared Spectroscopy for the Determination of Cement Composition and Process Optimization [article](ACG Publications, 2022) Özdemir, Durmuş; Gümüş, Mehmet Gökhan; Tepeli, DilekIn combination with a multivariate calibration method, FTIR-ATR spectroscopy was presented as a rapid method for the determination of some major oxides (CaO, SiO2, Al2O3, Fe2O3) and minor oxides (MgO, SO4, Na2O, and K2O) in diverse materials (raw material, raw meal, additives, clinker, and types of cement) in cement manufacturing. The FTIR spectroscopy based multivariate models were generated by taking X-ray fluorescence (XRF) as a reference method. Among a number of spectral preprocessing methods, extended multiplicative scatter correction (EMSC) yielded the best PLS models. The standard error of prediction (SEP) for the optimal FTIR based PLS models ranged from 0.10 to 2.07 (w/w%), and the regression coefficient (R2) ranged from 0.95 to 0.99 for PLS predicted vs XRF reference plots. Statistical evaluation of the both methods was carried out by paired t-test at the 95% confidence level and the results showed that the FTIR-ATR combined with PLS model results are consistent with the XRF reference measurements for all the oxides studied. Compared to the XRF method, which can take anywhere from a few minutes to an hour for each measurement, the proposed method is faster, cheaper, and safer. The presented technology also allows rapid monitoring of a cement factory production line.Article Citation - WoS: 28Citation - Scopus: 33Rapid Detection of Green-Pea Adulteration in Pistachio Nuts Using Raman Spectroscopy and Chemometrics(John Wiley and Sons Inc., 2021) Taylan, Osman; Çebi, Nur; Yılmaz, Mustafa Tahsin; Sağdıç, Osman; Özdemir, Durmuş; Balubaid, MohammedBACKGROUND Ground pistachio nut is prone to adulteration because of its high economic value and wide usage. Green pea is known as the main adulterant in frauds involving pistachio nuts. The present study developed a new, rapid, reliable and low-cost methodology by using a portable Raman spectrometer in combination with chemometrics for the detection of green pea in pistachio nuts. RESULTS Three different methods of Raman spectroscopy-based chemometrics analysis were developed for the determination of green-pea adulteration in pistachio nuts. The first method involved the development of hierarchical cluster analysis (HCA) and principal component analysis (PCA), which differentiated authentic pistachio nuts from green pea and green pea-adulterated samples. The best classification pattern was observed in the adulteration range of 20-80% (w/w). In addition to classification methods, partial least squares regression (PLSR) and genetic algorithm-based inverse least squares (GILS) were also used to develop multivariate calibration models to determine quantitatively the degree of green-pea adulteration in grounded pistachio nuts. The spectral range of 1790-283 cm(-1)was used in the case of multivariate data analysis. A green-pea adulteration level of 5-80% (w/w) was successfully identified by PLSR and GILS. The correlation coefficient of determination (R-2) was determined as 0.91 and 0.94 for the PLSR and GILS analyses, respectively. CONCLUSION A Raman spectrometer combined with chemometrics has a high capability with regard to the detection of adulteration in pistachio nuts, combined with low cost, strong reliability, a high level of accuracy, rapidity of analysis, and minimum sample preparation.Article Fourier Dönüşümlü Kızılötesi (ft-ır) Spektroskopisi ile Malassezia Türlerinin Değerlendirilmesi(Ankara Microbiology Society, 2011) Ergin, Çağrı; Vuran, M. Emre; Gök, Yaşar; Özdemir, Durmuş; Karaarslan, Aydın; Kaleli, İlknur; Çon, Ahmet HilmiMalassezia türleri, normal deri florasının üyesi kabul edilen, cilt enfeksiyonlarına da yol açabilen lipofilik ekzobasidiyomiçet mantarlardır. Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında uygulanan fenotipik karakterlere dayalı tür tanımlaması her zaman için taksonomik araştırmalarla uyumlu olmayabilmektedir. Lipofilik ve lipide bağımlı Malassezia türleri lipid ile zenginleştirilmiş besiyerlerine gereksinim gösterir. Bu nedenle, lipid bölgesine odaklanmış Fourier dönüşümlü kızılötesi (Fourier transform infrared; FT-IR) spektroskopisi, Malassezia türlerinin tanımlanmasında yardımcı olabilir. Bu çalışmada, insan patojeni olan 10 farklı türe ait standart Malassezia suşu (M.dermatis CBS 9145, M.furfur CBS 7019, M.japonica CBS 9432, M.globosa CBS 7966, M.nana CBS 9561, M.obtusa CBS 7876, M.pachydermatis CBS 1879, M.slooffiae CBS 7956, M.sympodialis CBS 7222 ve M.yamatoensis CBS 9725), modifiye Dixon agar besiyerinde standart kültürü takiben FT-IR spektroskopisi ile incelenmiştir. Çalışmamızda, tüm spektrum analizi ile iki ana grup (M1 grubu; M.globosa, M.obtusa, M.sympodialis, M.dermatis, M.pachydermatis ve M2 grubu; M.furfur, M.japonica, M.nana, M.slooffiae, M.yamatoensis) ayırımı yapılmıştır. M1 grubunda; M.obtusa’nın 1686-1606 $cm^ {-1}$, M2 grubunda M.japonicum’un 2993-2812 $cm^ {-1}$ dalga sayısı penceresinde yapılan ikinci basamak işlemlerinde, düşük düzeyde ayırım gücü ile tanımlandığı görülmüştür. Bununla birlikte, M.sympodialis, M.globosa ve M.pachydermatis ile M.furfur ve M.yamatoensis’in birbirlerinden ayırım gösterdiği bölgeler saptanamamıştır. Sonuç olarak, farklı spektral bölgelerin analiz verilerine göre; FT-IR spektroskopik analizinin, standart kültürü yapılan Malassezia türlerinin ayırımında yeterli olmadığı kanısına varılmıştır.Article Bazı Kromatografik ve Spektroskopik Verilerin Kullanımı ile Gemlik Çeşidinden Üretilmiş Natürel Zeytinyağlarının Kemometrik Sınıflandırılması(Gıda Teknolojisi Derneği, 2014) Dıraman, Harun; Öztürk, Betül; Özdemir, DurmuşBu çalışmada, farklı yetiştirme yerlerinden sağlanan Gemlik zeytin çeşidine ait örnekleri (n=10) kromatografik ([GLC] Yağ Asidi [FA] ve [HPLC] Triaçil Gliserol [TAG] profilleri) ve spektroskopik (Excitation-Emission [EX-EM] şoresans Spektroskopisi) yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Tek (Gemlik) çeşitten üretilen natürel zeytinyağlarının sınışandırılması en yaygın kullanılan kemometrik yöntemler ile (Temel Bileşen Analizi, PCA ve Aşamalı Kümeleme Analizi, HCA) gerçekleştirilmiştir. Gemlik çeşidinden oluşan örnekler (n=10) yağ asidi ve TAG profili temelinde yetiştirme bölgelerine göre (Ege, Marmara ve Akdeniz olarak) başarı ile sınışanmıştır. Ayrıca Gemlik çeşidi örnekleri için benzer sınışandırmayı Excitation-Emission [EX-EM] şoresans spektroskopi sonuçları da göstermiştir. Buna ek olarak, spektroskopik yöntemlerin natürel zeytinyağların sınışandırılmasında ümitvar etkiler sergileyebileceği görülmüştür.Article Karanlık ve Aydınlıkta Depolanmış Ayvalık ve Memecik Çeşidi Natürel Zeytinyağlarının Spektroskopik Verilere Göre Kemometrik Sınıflandırılması(Gıda Teknolojisi Derneği, 2014) Öztürk, Betül; Dıraman, Harun; Özdemir, DurmuşBu çalışmada, Türkiye’nin zeytinyağı üretiminin % 65’ini oluşturan Ege bölgesinin hakim zeytin çeşidi olan Ayvalık ve Memecik yağ örneklerinin en yaygın spektroskopik yöntemler ile (FTNIR, FTIR-ATR, Excitation-Emission [EX-EM] ve Senkronize [SYN] şoresans Spektroskopisi) analiz edilerek sınışandırılması gerçekleştirilmiştir. Analiz edilen yağ örnekleri organik ve karışık çeşitlerden üretilen bir örnek dışında Kuzey Ege (Ayvalık çeşidi) (n=4) ve Güney Ege (Memecik çeşidi) (n=4) alt bölgelerinden alınmış toplam 9 adetten oluşmaktadır. Oda sıcaklığında PET şişeler içinde muhafaza edilen yağ örnekleri gün ışığına maruz bırakılan ve aluminyum folyo ile kaplanmış (karanlık) olarak iki gruba ayrılmıştır. Ayvalık ve Memecik çeşidi natürel zeytinyağlarının sınışandırılması en yaygın kullanılan kemometrik yöntemler ile (Temel Bileşen Analizi, PCA ve Aşamalı Kümeleme Analizi, HCA) gerçekleştirilmiştir. Ayvalık ve Memecik çeşitleri spektroskopik yöntemlerin sonuçları temelinde çeşit, orijin bölgesi ve işlem uygulamalarına (ışığa maruz kalma veya karanlıkta tutma gibi) göre dikkate değer bir şekilde sınışanmışlardır. Ayrıca, spektroskopik yöntemlerin natürel zeytinyağların sınışandırılmasında ve muhtemel depolama koşulları ve tağşiş konusunda ümitvar etkiler sergileyebileceği görülmüştür.Article Trakya Bölgesinde Üretilen Çeşitli Süt Ürünlerinin Nitrat ve Nitrit Düzeylerine Göre Kemometrik Yöntemlerle Sınıflandırılması(Gıda Teknolojisi Derneği, 2009) Dıraman, Harun; Özdemir, Durmuş; Gündüz, H. Hüsnü; Demirci, MehmetBu araştırma ile Türkiye süt ürünleri üretiminde önemli bir yeri olan Trakya Bölgesinde iki üretim yılı süresince üretilen beyaz peynir (28 adet), kaşar (19 adet), eritme peyniri (1 adet), yoğurt (16 adet), çiğ süt (5 adet) ve pastörize-steril (7 adet) sütlerdeki nitrat ve nitrit miktarları tespit edilmiş ve bulunan sonuçlar kemometrik yöntemler (Temel Bileşenler [PCA] ve Kümeleme [HCA] Analizleri) yardımıyla yörelere göre sınıflandırılmıştır. Gıdalarda bulunan nitrat ve nitrit düzeyleri, çevresel kirliliğin önemli bir parametresi olarak kabul edilmektedir. Beyaz peynirlerin (% 11.11)’i nitrat, (% 51.85)’i nitrit, kaşarların (% 21.05)’i nitrat ve (%31.58)’i nitrit, yoğurtların (%18.75)’i nitrat ve (%6.25)’i nitrit ve süt örneklerinin de (%25)’i nitrat ve tamamının ise nitrit içermediği görülmüştür. Trakya Bölgesi orijinli süt ürünlerinin tamamına ilişkin birleştirilmiş temel bileşenler analizi (PCA) sonuçlarına göre, PC1’in %83,04 oranında ve PC2’nin de %16.96 oranında toplam varyansı açıkladığı gözlemlenmiştir. Kemometrik analizlerden Kümeleme (HCA) analizi sonuçları temelinde, süt ürünleri (beyaz peynir, kaşar, yoğurt ve süt) örnekleri orijinlerine göre üçer ana gruba ayrılmış ve sınıflanmıştır.