Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/9

Browse

Filters

2004 - 2009102010 - 2019782020 - 202311

Settings

Scopus Q: search.filters.scopusQuartile.N/A

Search Results

Now showing 1 - 10 of 99
  • Book
    Structural Defense of Plants and Pathogenesis
    (01. Izmir Institute of Technology, 2023) Ekinci, Berkay; Ekinci, Berkay
    The major challenge in today s world is ensuring an adequate food supply for the growing global population. Achieving this goal requires the development of crops by using sustainable agricultural strategies in ecologically suitable areas (Jan et al. 2011; Doğanlar et al. 2023). However, plant diseases, which are caused by various pathogens such as bacteria, fungi, viruses, nematodes, and herbivores, pose a significant threat to crop quality and yield. Fortunately, plants have several preexisting and induced defense and immune mechanisms to protect themselves against biotic and abiotic stresses (Jones et al. 2006; Freeman et al. 2008). This review aims to provide information on phytopathogens, the steps of pathogenesis, plants’ pre-existing structural defense mechanisms against pathogenesis, and more. It is aimed at broadening the reader's knowledge and perspective by providing a wide range of examples, from simple to complex. I hope that this review will be a good start for enlightening and inspiring all curious scientists who, like me, are enthusiastic about this field.
  • Review
    A review on the removal of viruses by adsorption
    (Gazi University, 2023) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sila; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, Harun
    The potential dangers of Covid-19 (SARS-CoV-2 Infection), which spread to almost all countries from Wuhan, China's Hubei province in 2020, have been the focus of attention of scientists worldwide Serious impact processes of Covid-19, ranging from pneumonia to severe acute respiratory infections and from kidney failure to death, continue to threaten millions of people. Isolation of pandemic species is of great importance for the development of appropriate treatment protocols in emerging viral infections. For this, it is necessary to develop existing methods as well as new methods. Viruses do not exist in living form in nature and they need other creatures to transfer their genetic material. In this respect, water resources and air appear as the most important means of transmission. Adsorption processes for the transmission means can be applied to prevent the spread of viruses and to inactivate them. In this review, the interactions of viruses with various adsorbents containing carbonaceous, oxidized, porous anf metal organic framework materials were examined. Electrostatic interactions were found to be more effective in target types of adsorbing processes of adsorbents used in water and air purification. Since the virus surface carries various organic functional groups, it is seen that it will interact with different adsorbents electrostatic and in this way they can be removed and both isolated and rendered ineffective. We think that our study will contribute to effective solutions to prevent the spread of other pathogens, including coronaviruses, by adsorption processes to be applied to air and water sources and to disinfect the specified transmission means.
  • Book Part
    Citation - Scopus: 1
    Automated Analysis of Phase-Contrast Optical Microscopy Time-Lapse Images: Application To Wound Healing and Cell Motility Assays of Breast Cancer
    (Elsevier, 2023) Erdem, Yusuf Sait; Ayanzadeh, Aydın; Mayalı, Berkay; Balıkçı, Muhammed; Belli, Özge Nur; Uçar, Mahmut; Yalçın Özuysal, Özden; Pesen Okvur, Devrim; Önal, Sevgi; Morani, Kenan; Iheme, Leonardo Obinna; Töreyin, Behçet Uğur
    This chapter describes a workflow for analyzing phase-contrast microscopy (PCM) data from two fundamental types of biomedical assays: assays for cell motility and assays for wound healing. The workflow of the analysis is composed of the methods for acquiring, restoring, segmenting, and quantifying biomedical data. In the literature, there have been separate methods aimed at specific stages of PCM data analysis. Nonetheless, there has never been a complete workflow for all stages of analysis. This work is an innovation that proposes an end-to-end workflow for image pre-processing, deep learning segmentation, tracking, and quantification stages in cell motility and wound healing assay analyses. The findings indicate that domain knowledge can be used to make simple but significant improvements to the results of cutting-edge methods. Furthermore, even for deep learning-based methods, pre-processing is clearly a necessary step in the workflow. © 2023 Elsevier Inc. All rights reserved.
  • Article
    Assessment of Undergraduate Health Students' Perception and Satisfaction on Training and Participation in Community Health Outreach
    (Springer, 2023) Adegbore, Abidemi Kafayat; Adedokun, Amudatu Ambali; Adegoke, Juliet Ifeoluwa; Lawal, Maruf Ayobami; Oke, Muse
    AimThe need to improve training of health professionals has increased in recent years due to increasing frequencies of public health events. Consequently, a descriptive cross-sectional survey was carried out to determine the level of satisfaction and knowledge acquired by undergraduate students in the health sciences during a community health outreach program.Subject and methodsStudents were invited to complete an online-administered questionnaire (consisting of both open- and closed-ended questions) to assess their perceptions and experiences on the community health outreach program. Additionally, the survey was carried out to assess the quality of training provided and obtain suggestions for further improvements. Responses were collected and analysed using Microsoft Excel.ResultsMost respondents (>83%) reported satisfaction with the community diagnosis and community intervention briefing and training sessions. All respondents reported familiarity with standard community health outreach instruments and were capable of identifying environmental health risk factors that may contribute to the spread of communicable diseases. Interestingly, respondents reported greater appreciation of health challenges faced by rural communities. However, respondents expressed dissatisfaction with the duration of the outreach program (24%) and funding (15%).ConclusionAlthough respondents reported overall satisfaction with the organization and execution of the health outreach program, certain aspects of the program were deemed unsatisfactory. Despite the shortcomings, we believe that our student-centred learning strategy is readily adaptable for training future healthcare professionals and improving health literacy of rural communities, particularly in sub-Saharan Africa.
  • Research Project
    İzogenik adenokarsinoma hücre hatlarında farklı olarak ifade edilen genlerin metastatik ilişkilerinin araştırılması
    (TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2004) Güneş, Hatice; Certel, Seçil; Sudağıdan, Mert
    Önceki çalışmada, metastatik yeteneği yüksek olan ve çok az olan izogenik sıçan meme adenokarsinoma R3230AC hücre hatlarında farklı olarak ifade edilen genleri tesbit ettik. Bu çalışmanın amacı, farklı olarak ifade edilen bu genlerin metastatik ilişkilerini çeşitli adenokarsinoma hücre hatlannda reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) yöntemiyle araştırmaktı. FF-10 ve SG-1 gen klonlarının metastatik olmayan hücre hatlarında ifade edilmelerine rağmen metastatik hücre hatlannda ifade edilmemeleri, bu genlerin potensiyel metastatik suppressor fonksiyonlanmn olabileceğini göstermektedir. Buna ilaveten, yeşil çay kateşinleri, likopen, ve beta-karoten gibi antioksidant maddelerin adenokarsinoma hücre hatlannm büyümesi ve potensiyel tümör süpressif genlerinin ifade edilme profilleri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Hücreler değişik antioksidant maddelerle muamele edilip hücre büyümesi MTT yöntemiyle tayin edilmiştir. 50 uM ve üzerindeki konsantrasyonlarda epigallocatechingallate (EGCG), epigallocathecin (EGC) hücre büyümesini anlamlı bir şekilde engelledi. Beta-karoten ve yeşil çay kateşinin etkisi (GTC) 100 uM ve üzerindeki konsantrasyonlarda gözlendi. Likopen 3 mikromol konsantrasyonda hücre büyümesini etkiledi. Son olarak, antioksidantlann genlerin ifade edilme profilleri üzerinde etkilerine bakıldı. Özellikle FF-10 gen klonunun ifade edilmesi, likopenle muamele edilmiş hücrelerde edilmeyenlere kıyasla 2-kat azaldı. Farklı olarak ifade edilen genlerden özellikle FF-10, SG-1 RE-1 ve RF-5'in insan primer ve sekonder meme tümörlerinde ifade edilme profillerinin incelenmesi ve bu genlerin cDNA klonlanyla yapılacak transfeksiyon çalışmaları bu genlerin metastatik ilişkileri hakkında daha detaylı sonuçlar verecektir.
  • Research Project
    Ligand kütüphanelerinin yapımında kullanılacak yeni konukçu E. coli suşlarının geliştirilmesi
    (TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2005) Yenidünya, Ali Fazıl; Elmacı, Zehra Seda; Arslanoğlu, Alper
    Ligand kütüphanelerinin yapımındaki ilk adım, milyonlarca ligand varyantlarını kodlayan gen fragmanlarının, seçilmiş plazmid vektörlere total olarak klonlanmasıdır. Ligand proteinler, plazmid vektörde bulunan faj pill filament proteini ile füzyon halinde ifade edildiklerinden, konak bakteride oluşan yeni faj partiküllerinin yapısına girerler. Faj partiküllerini oluşturan proteinler de ligand DNA klonlarını içeren konak bakterinin yardımcı fajlarla (hepler-phage) süper-enfeksiyonu ile sağlanır. Ligand kütüphanelerinin zenginliği, içerdikleri farklı gen fragmanlarının sayısıyla (diversity) doğru orantılıdır. Faj displey yönteminin, henüz, kütüphane diversitesini negatif yönde etkileyebilecek bazı yönleri vardır. Bunlardan bir tanesi, süper-enfeksiyondan sonra oluşan fa partiküllerinin teorik olarak yarısının, spesifik ligand taşıdıkları halde, ligand genini taşıyan plazmidin yerine yardımcı faj genomunu paketlemiş olmalarından kaynaklanmaktadır. Bu fajlar, hem bir ligandı hemde onun genini taşıyan fajlarla seçim sırasında rekabet edemezler ve bir sonraki seçim sırasında kaybolurlar. Bu durum, herhangi bir kütüphanede en az sıklıkta temsil edilen fakat işlev bakımından büyük öneme sahip olabilecek ligandların, ardışık seçim aşamalarında kaybolmalarına neden olmaktadır. Diğer bir dezavantaj, süper-enfeksiyon sırasında veya sonrasında yardımcı faj tarafından enfekte olmuş bir bakterinin yeniden enfeksiyona uğramasıdır. Bu da; ligand taşımayan faj partiküllerinin sayıca artması nedeniyle, ligand DNA'sını taşıyan faj partiküllerinin popülasyondaki sıklığını azaltır. Faj displey yönteminde bu iki dezavantaj, faj süper-enfeksiyonundan kaynaklanmaktadır. Proje, süper-enfeksiyon sürecinin faj displey yönteminden eliminasyonunu öngörmüştür.
  • Research Project
    Bazı kültür ve yabani domates,biber ve patlacan türlerinde antioksidant özelliği olan karakter için mevcut genetik varyasyonun tayin edilmesi ve bu karakterleri kontrol eden genlerin moleküler haritalanması
    (TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2007) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Yemenicioğlu, Ahmet; Rusçuklu, Dane; Ökmen, Bilal; Şığva, Hasan Özgür; Tümbilen, Yeliz; Keçeli, Mehmet Ali; Yüce, Duygu; Göl, Deniz; Kırsoy, Öyküm
    [No Abstract Available]
  • Research Project
    Domateste (Lycopersicon esculentum) tuza dayanıklılığın fizyolojik ve genetik karakterizasyonu
    (TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2008) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Keleş, Davut; Pınar, Hasan; Göl, Deniz
    [No Abstract Available]
  • Research Project
    Biyolojik-kimyasal reaksiyonların benzetimi için Monte Carlo teknikleri
    (TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2012) Altınkaya, Mustafa Aziz; İnal, Fikret; Baran, Yusuf
    Kimyasal reaksiyonların stokastik modellemesi, reaksiyondaki molekül sayılarının az olduğu durumda, her bir molekülün ne zaman reaksiyona gireceğinin tam olarak belirlenememesi nedeniyle yalnızca makroskopik ölçekte doğru olan gerekirci yönteme göre daha başarılıdır. Gillespie’nin geliştirdiği stokastik benzetim algoritması (SBA) Monte Carlo teknikleriyle sistemdeki bir sonraki reaksiyonun hangi reaksiyon olacağını ve ne zaman gerçekleşeceğini belirlemektedir. Ancak SBA’nın molekül sayıları arttıkça işlem yoğunluğu çok artmaktadır. Bu durumda, sistemdeki her reaksiyonu her molekülün mevcut konsantrasyonunu koruması koşulunu bozmayacak miktarda çok kez ateşleyerek, reaksiyon sistemindeki her molekülün miktarını tau peryodu ile güncelleyen tau-atlama algoritması işlem yoğunluğunu önemli ölçüde azaltmaktadır. Her bir reaksiyon kanalının tau aralığında ateşlenme adedini belirleyen Poisson değişken, reaksiyona girme eğilimi ile tau'nun çarpımı çok büyüdüğünde Gauss gibi davranmaya başlar. Bu durumda reaksiyondaki konsantrasyonları belirleyen stokastik türev denklemi Kimyasal Langevin Denklemi’ne (KLD) karşılık gelir. KLD’deki Gauss sürecin yerine Levy (alfa) - kararlı daha dürtün bir sürecin konması, KLD’nin tanımladığı Brown hareketini Levy uçuşuna dönüştürür. Kimyasal Langevin-Levy Denklemi (KLLD) olarak tanımlanan bu denklem az sayıdaki molekülün bulunduğu biyokimyasal reaksiyonları daha iyi modelleyebilir. Maltozdan glukoz elde edilen bir Michaelis-Menten sistemi ve daha çok reaksiyon içeren laktuloz hidrolizi sırasındaki enzimatik transgalaktosilasyon reaksiyonlarında KLLD’nin SBA ve KLD’ye kıyasla daha fazla gerekirci eğriden sapmaya neden olduğu ancak aynı ortalama davranışın takip edildiği görülmektedir. Bu çalışma biyokimyasal reaksiyon benzetininde KLLD’ye dayalı tau-atlamanın kullanılabileceğini göstermiştir.
  • Research Project
    β - Hekzosaminidaz a ve sialidaz enzim eksikliği olan farelerde beyin lipid profilinin çıkarılması
    (TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2012) Seyrantepe, Volkan
    Tay-Sachs hastalığı GM2 gangliosidinden sialik asidi uzaklaştırarak GM3’e dönüştüren β-Hekzosaminidaz A enziminin α alt ünitesini kodlayan ve insan 15. Kromozomda bulunan HEXA genindeki mutasyonların sebep olduğu ölümcül bir lizozomal depo hastalığıdır. β-Hekzosaminidaz A eksikliği olan Tay-Sachs hastalığının fare modeli (HexA-/-) yaratılmış, bu farelerde kısıtlı bir GM2 birikimi olmasına rağmen insandaki hastalık bulguları farede gözlenmemiştir. Bu nedenle insan ile fare arasında glikolipidlerin yıkım yolaklarının farklı olduğu, HexA-/- farelerde bir ya da daha fazla sialidaz enziminin yer aldığı bir bypass mekanizması ile GM2’nin yıkılarak birikmediği ve bundan dolayı sinir dejenerasyonunun olmadığı ileri sürülmüştür (Sango et al. 1995). Bu hipotezi test etmek amacı ile yaratılan β-Hekzosaminidaz A ve sialidaz Neu 4 eksikliği olan farelerin (HexA-/- Neu4-/-) yaklaşık %40’da beyin dokusunda belirgin miktarda artan GM2 ile bağlantılı TaySachs hastalığı bulgularından olan epileptik krizler gözlenmiştir (Seyrantepe et al. 2010). Krizler tüm farelerde gözlenmediği için Neu4 sialidazın bir modulatör gen ürünü olduğu ayrıca diğer sialidazların bu yolakta yer alabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda bu hipotezi test etmek için üç enzim eksikliği olan farklı yaş grubundaki (β-Hekzosaminidaz A- (%0 aktif), sialidaz Neu4- (%0) aktif ve sialidaz Neu1- (%8-10 düzeyinde düşük sialidaz aktivitesi) farelerin beyin lipid profilleri karşılaştırılmıştır. İnce tabaka kromotografisi ile yapılan analizlerde hem ikili (HexA-/-Neu4-/-) hem de üçlü (HexA-/-Neu4-/-Neu1-/-) enzim eksikliği olan farelerde beyin gangliosid içeriklerinde sialidaz Neu1 eksikliğine bağlı olarak çok belirgin olmayan farklılıklar gözlenmiştir. Bu da sadece sialidaz Neu 1’in değil diğer sialidazlarında farelerde gangliosid yıkım yolağında rol alabileceğini düşündürmektedir.