Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008
Browse
Search Results
Master Thesis MikroRNA-150'nin Melanoma Progresyonu ve İmmün Mikroçevre Düzenlemesindeki Rolünün Araştırılması(2025) Ağır, Zekiye Büşra; Ekiz, Hüseyin AtakanMelanom, yüksek mutasyon yükü ve metastatik kapasitesi nedeniyle agresif bir kanser türüdür. Bu agresifliğe katkı sağlayan birçok yolak bulunmakta olup, mikroRNA'ların bu süreçte önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. miR-150, hem tümör hücrelerinde hem de bağışıklık sisteminde işlev görebilen çok işlevli bir mikroRNA'dır; ancak melanomdaki rolü yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışmada, miR-150'nin melanom progresyonu ve tümör bağışıklık mikroçevresi üzerindeki etkileri hem in vitro hem de in vivo deneysel modeller ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak incelenmiştir. B16F10-OVA melanom hücrelerinde CRISPR/Cas9 yöntemiyle miR-150 genetik olarak silinmiş ve proliferasyon, koloni oluşturma ve migrasyon üzerindeki etkileri in vitro olarak değerlendirilmiştir. Bu analizlerde hücre kültürü sistemlerinde anlamlı bir farklılık gözlenmemiştir. İn vivo çalışmalar ise miR-150 silinmesinin tümör bağışıklık mikroçevresinde bazı değişikliklere yol açmasına rağmen tutarlı bir etki göstermemiştir. Tümör hücresine özgü etkilerin ötesinde, melanom transkriptomik verileri analiz edilerek miR-150 ekspresyonunun tümör mikroçevresindeki ilişkileri değerlendirilmiştir. miR-150 ekspresyonunun sağkalım, inflamasyon ve bağışıklık yanıtları ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Bu bulgular, miR-150'nin yalnızca tümör hücrelerinde değil, aynı zamanda tümör mikroçevresindeki bağışıklık hücrelerinde de işlevsel roller üstlenebileceğini düşündürmektedir.Master Thesis CRISPR-TSKO Sistemi ile Pamukta Gossipol Biyosentezi için Genom Düzenlemesi(2025) Baltaş, Turgay; Doğanlar, SamiGossypium hirsutum, yaygın adıyla yerli pamuk, sadece lif üretimi için değil, aynı zamanda tohum yağı üretimi için de yetiştirilen çok amaçlı bir bitkidir. Pamuk tohumu yağı, yüksek oranda protein (%23) ve yağ asidi (%21) içerdiği için alternatif bir gıda kaynağı olarak görülmektedir. Bitkinin böceklere ve küçük kemirgenlere karşı kendini savunmak amacıyla ürettiği zehirli bir madde olan gossipol, insan sağlığına zararlıdır ve pamuk tohumlarında da bu moleküle rastlandığı için gossipolden arındırılmamış pamuk yağı gıda olarak kullanılamaz. Gossipolün pamuk yağından uzaklaştırılması ise yağ elde etme sürecine fazladan maliyet ve zaman ekler. Gossipol, pamuk bitkilerince üretilen ve özel bezelerde sentezlenip depolanan bir ikincil metabolittir. Bu çalışmada, gossipol bezelerinin oluşumu ve gossipol biyosentezi için gerekli bir transkripsiyon faktörünü kodlayan CGF3 geni, CRISPR/Cas9 sistemiyle hedef alınmış ve bu bezelerin tüm dokularda oluşmasını engelleyecek mutasyonların oluşturulması amaçlanmıştır. Böylece bezsiz (glandless) pamuk bitkisi elde edilmesi hedeflenmiştir. Ancak bitkinin zararlılara karşı korunabilmesi için tohum dışındaki yeşil dokularda bezelerin tekrar oluşturulması planlanmaktadır. Bunun sağlanabilmesi için sonraki çalışmalarda CGF3 geninin yalnızca yeşil dokularda yeniden aktifleşmesini sağlayacak CRISPR/TSKO sistemi kullanılacaktır. Bu kapsamda, Türkiye'de geliştirilmiş Lodos pamuk çeşidi genetik materyal olarak seçilmiştir. Ancak bu çeşit için optimize edilmiş bir transformasyon yöntemi bulunmadığından, yeni bir yöntem geliştirilmiştir. Seçilen vektör, CRISPR/Cas9 ifadesi sağlayan pKSE401 plazmididir. Bu plazmide, CGF3 genini hedefleyen gRNA dizilerini içeren bir kaset entegre edilmiştir. Sonuç olarak, gRNA içermeyen pKSE401 ile Lodos için bir transformasyon yöntemi optimize edilmiştir. Ancak gRNA içeren vektörle transformasyon için ek deneyler gereklidir.Master Thesis Beyin Rejenerasyonunda Diferansiyel Olarak Eksprese Edilen Genlerin Taranması, Fonksiyonel Karakterizasyonu ve Yetişkin Zebrabalığı Modelinde Beyin Hasarını Onarma Potansiyellerinin Araştırılması(2025) Helvacıoğlu, Selin; Özhan, Hatice GüneşZebra balıkları, geniş çaplı hasarlardan sonra dahi beyinlerini yeniden oluşturabilme konusunda olağanüstü bir yeteneğe sahiptir. Bu özellikleri, onları doku onarımı ve nörogenez mekanizmalarının araştırılması için ideal bir model organizma haline getirmektedir. Laboratuvarımız tarafından daha önce yayımlanmış bir çalışmada, legumain (lgmn) adlı bir genin, erişkin zebra balıklarının telensefalon bölgesinde beyin hasarına yanıt olarak diferansiyel şekilde eksprese olduğu belirlenmiştir. Bu durum, lgmn geninin hasara yanıt olarak gelişen rejeneratif süreçte potansiyel bir rol üstlenebileceğini düşündürmektedir. Ancak, bu genin nöro-onarımdaki rolü henüz fonksiyonel olarak araştırılmamıştır. Bu çalışmada, lgmn geninin telensefalik rejenerasyon sürecindeki zamansal ve bölgesel ekspresyon modeli incelenmiş ve detaylandırılmıştır. qPCR analizleri, lgmn mRNA düzeylerinin hasar sonrası dramatik biçimde arttığını göstermiştir. Test edilen zaman noktalarında gözlenen bu artış, genin rejenerasyon süreci boyunca sürekli olarak aktif olduğunu göstermektedir. Ayrıca, lgmn mRNA'sının HuC/HuD, Sox10 ve GFAP belirteçleri ile lokalize olması, lgmn'nin hem nörogenez hem de gliogenez süreçlerinde rol oynayabileceğini düşündürmektedir. lgmn geninin fonksiyonunu değerlendirmek amacıyla, CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak bir lgmn knockout zebra balığı hattı oluşturulmuştur. Oluşan mutasyonun çerçeve kayması mutasyonuna neden olduğu, High Resolution Melting Analizi (HRMA) ve Sanger dizileme ile doğrulanmıştır. Ek olarak, knockout hattında yapılan qPCR analizleri, lgmn transkript düzeylerinde belirgin bir azalma göstermiş, bu da nonsense aracılı mRNA yıkım mekanizmasını işaret etmektedir. Genel olarak, elde edilen bulgular lgmn geninin zebra balığı beyin rejenerasyonu sürecinde çoklu aşamalarda dinamik olarak eksprese olduğunu ve nörogenez ile gliogenez sırasında rejenerasyonu destekleyici roller üstlenebileceğini ortaya koymaktadır.